Iniciada su labor sacerdotal, pudo obtener los grados de Licenciado (1609) y Doctor en Teología (1618).Hacia 1601 era catedrático de Artes en su Universidad, puesto en el que se mantuvo durante largos años (aunque con interrupciones) logrando el aprecio de sus alumnos y colegas.Nombrado visitador general de idolatrás (1617-1623), predicó la absolución de los indios que destruyeran sus antiguos ídolos, y animado por su celo evangélico, proyectó su cólera contra hechiceros y brujos, al mismo tiempo que amonestó a los curas que no cumplían sus deberes.En el cabildo metropolitano fue promovido sucesivamente a las dignidades de canónigo (1633), provisor (1636), chantre (1638) y arcediano (1648).Desde 1643 era calificador del Santo Oficio, siendo propuesto como juez ordinario por el arzobispo Villagómez, pero los inquisidores se opusieron alegando que no era canonista, aunque tuvieron que aceptarlo dos años después.