Pasó a Roma, donde sirvió al papa Clemente VIII como camarero secreto de honor, durante siete años.
Promovido a arcediano, fue designado vicario general y provisor de aquella iglesia.
Recuperado, zarpó hacia el Perú, y tras otra agotadora travesía, desembarcó en Paita.
Continuó su viaje a Lima por tierra, aprovechando la ocasión para hacer una inspección de las doctrinas.
Luego se enfocó en mejorar la calidad del personal religioso y de los monasterios.
Luego se encaminó hacia Huánuco (sierra central del Perú).
En el trayecto predicó contra las antiguas idolatrías y, auxiliado por el clérigo limeño Fernando de Avendaño, logró incautar enorme cantidad de ídolos y amuletos diversos, que destruyó.
Continuando su recorrido, llegó hasta Conchucos, ya colindante con el obispado de Trujillo.