Las capacidades militares de Nuno estaban caracterizadas por su profunda espiritualidad.
Asiduo a la oración mariana, participaba diariamente de las misas.
El estandarte que eligió como insignia personal llevaba las imágenes de Cristo crucificado, María y de los santos caballeros Santiago y Jorge.
Hizo construir a costa suya numerosas iglesias y monasterios, entre los que se encuentran el Convento do Carmo.
En el año 1423 repentinamente cedió todos sus bienes y se volcó a la vida religiosa ingresando en la Orden de Nuestra Señora del Monte Carmelo.
Además de la admiración que le despertaba, siempre consideró a Nuño como su amigo más próximo.
Había casado en 1376 con Leonor de Alvim (sobrina del cortesano Pedro Coelho) con quien tuvo tres hijos.
Juan siempre consideró que Nuno Álvares Pereira era su amigo más próximo, quien le colocará en el trono y salvará la independencia de Portugal.
Ello no impidió que en 1953 fuese solemnemente inaugurada en Lisboa la primera iglesia dedicada al santo, la Iglesia del Santo Condestable, situada en la zona de Campo de Ourique.