Tras el asedio de 1565, la Orden decidió establecerse permanentemente en Malta y comenzó a construir una nueva ciudad capital, La Valeta.
La Orden comenzó a declinar en la década de 1770 y fue severamente debilitada por la Revolución Francesa en 1792.
La Orden pronto comenzó a acuñar sus propias monedas cuando se estableció en Malta.
Los Hospitalarios continuaron sus acciones contra los musulmanes y especialmente los piratas de Berbería.
En julio de 1551, las fuerzas otomanas intentaron apoderarse del Fuerte San Ángel y más tarde Mdina, pero vieron que fueron superados en número e invadieron Gozo varios días después.
Tras estos ataques, la Orden intentó repoblar Gozo y fortalecer las fortificaciones de Grand Harbour.
Este es el peor desastre natural que se haya producido en Malta y uno de los tornados más mortíferos en la historia registrada.
[5] En 1553, Carlos V ofreció una tercera posesión a la Orden, la ciudad de Mahdía en el moderno Túnez.
Angelo, el Gran Maestre Jean Parisot de La Valette se negó.
Desatendieron sus comunicaciones con la costa africana y no intentaron observar e interceptar los refuerzos sicilianos.
[9] Cuando los otomanos partieron, los hospitalarios tenían solo 600 hombres capaces de portar armas.
Sin embargo, él también murió dentro de un mes en Roma, poniendo así fin a la disputa.
Este acueducto se mantuvo en uso hasta principios del siglo XX, y la mayoría de sus arcos aún sobreviven.
[14] A lo largo del siglo XVII, también se mejoraron las fortificaciones de Malta.
Debido a la falta de fondos, las Líneas Santa Margherita y Cottonera permanecieron sin terminar por muchos años.
A finales del siglo XVII, también se construyó el Fuerte Ricasoli para proteger la entrada al Gran Puerto, mientras que los Fuestes San Tllmo y San Ángel se fortalecieron.
Durante el reinado del gran maestre Lascaris, también se construyeron varias torres más pequeñas.
[15] En 1693, un terremoto dañó muchos edificios en Malta, particularmente en la antigua capital de Mdina.
[16] En el siglo XVII y principios del XVIII, la marina de la Orden estaba en su apogeo.
El Corso también se convirtió en una parte importante de la economía maltesa hasta principios del siglo XVIII.
Esta se asocia principalmente con los Grandes Maestres António Manoel de Vilhena y Manuel Pinto da Fonseca, ambos portugueses.
A pesar de esto, Sicilia ya no tenía ningún control sobre las islas maltesas y Malta bajo la Orden se convirtió efectivamente en un estado soberano.
Malta finalmente se convirtió en colonia británica en 1813 y permaneció como tal hasta su independencia en 1964.