El hospicio-enfermería estaba administrado por una comunidad de religiosos benedictinos dedicada a San Juan Bautista.
Fray Gerardo pidió al Papa Pascual II que la Orden fuese puesta bajo la tutela de la Santa Sede con la "Protectio Sancti Petri".
Por su parte el Papa Calixto II, en 1120, confirmó y amplió los privilegios concedidos por su predecesor.
La bula se refiere a las posesiones de la Orden "en Asia y en Europa".
La situación política, bajo Raimundo de Puy, obligó a asumir funciones militares para la protección de los enfermos, los peregrinos y los territorios cristianos que los Cruzados habían recuperado.
Los caballeros eran al mismo tiempo religiosos sujetos a los tres votos.
La estructura autónoma de que gozó la Orden desde su inicio la hicieron completamente independiente de otros ordenamientos jurídicos, aunque solo con la ocupación armada de Rodas, en 1308, bajo el Gran Maestre Foulques de Villaret, la Orden obtiene la estabilidad territorial y empieza a ejercitar sus prerrogativas soberanas según el derecho feudal, ya que hasta entonces la organización institucional estaba orientada solamente a regular la vida interna del convento y no pretendía un relieve externo.
No obstante, al adquirir la soberanía territorial se acercó a la categoría de los Estados, cuya estructura ya poseía.
La Orden tuvo una flota poderosa; patrulló las aguas del Mediterráneo oriental.
La Orden era regida por el Gran Maestre y el Consejo, acuñaba su propia moneda, mantenía relaciones diplomáticas con otros Estados.
Mientras, al haber desaparecido la idea del Papado y el Imperio, florecían las monarquías personales, allí, con el progresivo abandono de los poderes absolutos por parte del "Magnus Magister" (Gran Maestre), se estableció una República aristocrática y electiva mucho antes de que una forma similar a esta se instaurase en los Estados generales de Holanda (1573).
Durante los siguientes siete años la Orden, aun cuando conservó la soberanía internacional, estuvo sin territorio alguno.
El rey se reconocía vasallo del Papa y quedaba obligado a la entrega de la "Chinea".
Pero, precisamente esta cláusula demuestra que desde el origen la Orden fue considerada capaz de adquirir soberanía sobre territorios diversos, con la consecuencia de no perderla por la pérdida del territorio singular.
Durante la estancia en Malta la Orden consolidó su organización legislativa y judicial, con lo que se fue institucionalizando como Ente autónomo en el ámbito de la ya existente Comunidad internacional.
Desgraciadamente el zar fue asesinado pocos años después, antes que Pablo I° pudiese determinar activamente la política de la Soberana Orden.
Se empeña por "el acrecentamiento de la Orden y su restablecimiento en un estado respetable" así como a hacer todo lo posible "para devolverle los derechos que le han sido injustamente arrebatados".
En 1799 nombra caballero a Sir Home Riggs Popham durante la realización de una misión diplomática secreta entre Rusia y Gran Bretaña.
Pío IX modificó los Estatutos y la fórmula del juramento mediante un Breve.
La labor hospitalaria, que caracterizó la fundación de la Orden, volvió a ser su objetivo principal.
Durante las dos guerras mundiales la Orden realizó una importante labor hospitalaria y benéfica.