La Orden contaba con los medios necesarios para resistir un asedio, pero una serie de circunstancias que incluían el descontento entre sus propios miembros franceses, así como entre la población nativa maltesa, condujeron a una tregua que terminó con la capitulación de la Orden.
La Orden recibió importantes reveses tras la Revolución Francesa, y en 1792 tenía serias dificultades financieras.
Sin embargo, se creía que se estaban preparando para un ataque a Portugal e Irlanda, y el Gran Maestre Ferdinand von Hompesch zu Bolheim no creía que un ataque a Malta fuera inminente.
[4] Mientras tanto, los franceses habían hecho los preparativos para desembarcar y ocupar las Islas Maltesas.
Decía que los franceses trataban a la Orden como un enemigo, pero prometía respetar la religión, las costumbres y la propiedad de la población maltesa.
Paul's Bay en el norte de Malta fue realizado por tropas comandadas por Louis Baraguey d'Hilliers.
[6] Una fuerza comandada por Louis Desaix desembarcó en Marsaxlokk, una gran bahía en el sur de Malta.
El desembarco fue exitoso y los franceses lograron capturar Fort Rohan después de cierta resistencia.
Las fuerzas francesas rodearon la ciudad y se les unieron las tropas de Desaix, que habían desembarcado con éxito en Marsaxlokk.
Los defensores hospitalarios intentaron entonces un contraataque y enviaron tropas contra los franceses, que comenzaron a retirarse.
Los franceses iniciaron entonces un avance general, y los defensores se retiraron a la ciudad fortificada.
Entre las bajas de la fuerza invasora se encuentra el sargento mayor Bertrand, que murió por disparos durante el desembarco.
El Gran Maestre y el Consejo permanecieron reunidos en el Palacio, junto con otros caballeros.
La guarnición defensora abandonó Tigné la noche del 12 al 13 de junio y los franceses tomaron el control poco después.
Los franceses prometieron adquirir un principado para el Gran Maestre como compensación por la pérdida de Malta.
Permaneció en la isla durante seis días, pasando la primera noche en la Banca Giuratale y luego alojándose en el Palazzo Parisio,[21] antes de que la mayor parte de la flota francesa se embarcara para la campaña en Egipto.
El general Vaubois permaneció en la isla con una guarnición para mantener el control, estableciendo así la ocupación francesa de Malta.
Durante su corta estancia, Napoleón dictó instrucciones que reformaron radicalmente el gobierno y la sociedad maltesa, para adecuarlos a los ideales republicanos franceses.
[22] Unos días después de la capitulación, el Gran Maestre y muchos caballeros abandonaron la isla, llevándose consigo algunos bienes muebles, incluidas algunas reliquias e iconos.
La guarnición francesa en La Valeta y Cottonera resistieron el bloqueo subsiguiente durante dos años, antes de que Vaubois se rindiera a los británicos en 1800, convirtiendo a Malta en un protectorado e iniciando 164 años de dominio británico.