Estas ideas progresistas encontraron una gran resistencia, particularmente en las áreas centrales de la confederación, y se produjo una revuelta en Nidwalden que sería sofocada por las fuerzas de ocupación.

No había unidad entre los antiguos confederados acerca del futuro de Suiza.

Las fuerzas de ocupación saquearon muchas ciudades y pueblos.

Junto a la resistencia local, los problemas financieros provocaron que la República Helvética fracasase.

Los cantones anteriormente soberanos fueron reducidos a meros distritos administrativos y, para debilitar las antiguas estructuras de poder, se establecieron nuevas fronteras entre algunos.