Se realizaron modificaciones durante los siglos siguientes, siendo la última adición importante el Fuerte Lascaris completado en 1856.

La mayoría de las fortificaciones se conservan en gran parte intactas hoy en día.

[6]​ La torre fue fortalecida en 1533, pero la ciudad propuesta no fue construida pues la Orden se centró encima en las fortificaciones de Birgu, su base.

En 1552, la atalaya aragonesa fue derribada y el Fuerte de San Telmo fue construido sobre su solar.

A finales del siglo XVI, La Valeta era el asentamiento más grande de Malta.

Al ver las fortificaciones, Napoleón dijo: "Estoy muy contento de que nos abriesen la puerta".

[14]​ Un par de meses después del comienzo de la ocupación francesa, el pueblo maltés se rebeló contra los franceses y los bloqueó en la zona del puerto con apoyo británico, napolitano y portugués.

[15]​ Durante el mandato británico, las fortificaciones sufrieron modificaciones; la más significativa fue la construcción del Fuerte Lascaris entre 1854 y 1856.

Paul Bastión del Valletta Frente de Tierra, y fines en St.

Consta del siguiente: Fort Santo Elmo es la parte más vieja de las paredes de ciudad, y manda la entrada a ambos el Puerto Magnífico y Marsamxett.

La construcción de las líneas comenzó en 1636 y fueron nombradas después del ingeniero militar que las diseñó, Pietro Paolo Floriani .

Hoy en día, las fortificaciones siguen siendo en gran parte intactas, pero más bien en ruinas y en la necesidad de la restauración.

Aunque estas fortificaciones estaban bien diseñadas, a principios del siglo XVII no eran lo suficientemente fuertes para resistir un gran ataque debido a los nuevos desarrollos tecnológicos que aumentaban la gama de artillería.

Algunos miembros de la Orden e ingenieros militares se opusieron fuertemente a estos planes, ya que la gran guarnición necesaria para manejar las líneas se consideraba demasiado cara.

De Paule decidió construir las líneas, ya que habría sido incorrecto estar en desacuerdo con el ingeniero militar del Papa.

Este impuesto creó una disputa entre la Orden y el clero, que protestó ante el Papa.

En junio de 1640, las líneas se consideraban parcialmente defendibles, aunque todavía incompletas.

En el momento en que las Líneas de Floriana todavía estaban en construcción, y una serie de puntos débiles habían sido identificados en su diseño original, especialmente porque los semibastiones que forman las dos extremidades del Frente de Tierra eran demasiado agudos y no podían ser defendidos bien.

Otras modificaciones fueron hechas durante las décadas siguientes, tales como la construcción de la Trinchera Norte sobre 1730.

Las líneas de Floriana permanecieron bajo control francés durante todo el bloqueo, y los malteses construyeron la Batería de Tas-Samra y una batería en Corradino para bombardearlos.

Después de que los británicos tomaron Malta en 1800, las líneas seguían siendo un establecimiento militar funcional.