La boca del puerto se abre al noreste y está delimitado al norte por Punta San Elmo y además protegido por un rompeolas, el sur está delimitado por Punta Ricasoli.
El canal principal del Gran Puerto se adentra por tierra casi hasta Marsa.
Junto a su compañero el Marsamxett, el Gran Puerto se sitúa en el centro de un terreno en ligera elevación.
El Gran Puerto fue una base para los Caballeros de San Juan durante 268 años, y tras su partida llegó a ser una base estratégica para los británicos durante otros 170 años.
En 1940, durante la Segunda Guerra Mundial, toda la zona fue duramente bombardeada durante un nuevo sitio de Malta y los muelles así como las instalaciones militares alrededor del puerto fueron objetivos legítimos para los bombarderos del Eje Roma-Berlín-Tokio.