Durante su mandato, el Gobierno Provisional combatió del lado de la Segunda República y se creó el Ejército Vasco (Euzko Gudarostea).Aguirre pronunció un emotivo discurso en el que, además de proclamar su lealtad al Gobierno, condenaba el reciente golpe militar y el fascismo internacional:[7]Eusko Lur gainean zutunik, asaben gomutaz, Gernikako Zuhaizpean, herri ordezkarion aitzinean nere agindua ondo betetxea zin dagit.Famosos son los llamamientos desesperados de Aguirre a Indalecio Prieto y Manuel Azaña para que enviaran aparatos al País Vasco.El nuevo alcalde de Bilbao nombrado por los sublevados, el falangista José María de Areilza, tras afirmar que «ha caído vencida, aniquilada para siempre esa horrible pesadilla siniestra y atroz, que se llamaba Euskadi», le dedica estos insultos a José Antonio Aguirre:[10]Aún bajo identidad falsa, permanecerá varios meses en Brasil, Uruguay y Venezuela, hasta que el Gobierno de los Estados Unidos le autoriza a residir legalmente en su país.Así, se traslada a Nueva York, presidiendo la sede del Gobierno Vasco en el exilio; Aguirre permanecíó allí hasta 1946, ejerciendo al mismo tiempo como profesor en la Universidad de Columbia.El único representante español en las Naciones Unidas había sido el delegado del Gobierno Vasco, Jesús de Galíndez, hasta su asesinato.[cita requerida] En 2010 le fue concedida a título póstumo la Gran Cruz del Árbol de Guernica, máxima condecoración que otorga el Gobierno Vasco.
