Debido a este hecho, el pequeño Jesús se crio con sus abuelos en Amurrio, mientras su padre vivía y ejercía su profesión en Madrid.Durante su época universitaria se relacionó activamente con Euzko Ikasle Batza, una asociación estudiantil nacionalista vasca que operaba en Madrid impartiendo conferencias y trabajando para ellos.Esta relación afectiva y sentimental acabó derivando en una inclinación política al nacionalismo vasco, en el que militó desde los 17 años de edad.Vinculado desde su juventud al PNV, la llegada de la guerra civil, acontecimiento que cambiaría su vida, le sorprendió en Madrid, aunque los primeros meses del conflicto no cambiaron mucho la vida del joven Galíndez que siguió como profesor ayudante.Galíndez permaneció entre siete y ocho meses retenido en dicho campo hasta que pudo huir.Galíndez vivió durante algo más de 6 años en la República Dominicana, entre 1939 y 1946.Sin embargo la República Dominicana no resultaba un destino demasiado atractivo para los refugiados españoles que preferían otros países como México, Argentina o Venezuela y llegaron solo unos miles.Su preparación, dinamismo y capacidad de trabajo le hicieron ganarse un gran prestigio.Nunca criticó abiertamente a Trujillo para no buscarse problemas con el régimen y poder ganarse la vida, pero se cuidó también mucho de rendir pleitesía al dictador, cuyo régimen político aborrecía.Funcionaba a su llegada a la capital dominicana una delegación del Gobierno Vasco que dirigía el doctor Eusebio de Irujo, hermano del líder nacionalista Manuel de Irujo.Durante 5 años desempeñó por tanto el papel de máximo representante del Gobierno Vasco en la República Dominicana.Según algunos autores, durante su periodo como delegado del Gobierno Vasco en la República Dominicana fue captado por el FBI para brindar información sobre las actividades de nazis y falangistas españoles en la República Dominicana, y también sobre las actividades de comunistas españoles exiliados, a pesar de ser algo reticente a esto último.Galíndez, como delegado del Gobierno Vasco, tenía una posición relevante entre los exiliados españoles.Galíndez nunca llegó a ser represaliado por sus actividades antifranquistas, pero en el futuro las cosas podían cambiar.Asustado y asqueado por estos hechos, Galíndez se decidió a abandonar el país.Este ofrecimiento y las facilidades que le consiguió Aguirre para obtener el visado fueron definitivas en la decisión de abandonar la República Dominicana.Su evolución política, socio-económica, cultural e internacional (Nueva York, 1954) que escandalizó a la dictadura dominicana.Desde las iniciales buenas relaciones que mantenía el exilio vasco con Franklyn Roosevelt, hijo del Presidente Roosevelt (1882-1945) y que habían posibilitado la cooperación de Galíndez con los servicios secretos americanos (CIA y FBI), la situación política había cambiado en esos años y, la llamada "Guerra Fría", tuvo como efecto inmediato el reconocimiento de Estados Unidos al gobierno franquista en 1953, por lo que la posición de Galíndez en ese país estaba seriamente amenazada, como confirmó el propio Galíndez en las conversaciones con sus próximos habidas en esa época.UU. se centró en los comunistas y Galíndez dejó de ser necesario.Según el FBI, en la preparación, secuestro y encubrimiento del crimen participaron un total de 35 personas.[18] La Fundación Sabino Arana" organizó con motivo del 50 aniversario de su desaparición una gran exposición llamada "“GALÍNDEZ MISSING.
Escultura en homenaje a Jesús Galíndez en Vitoria, España