En realidad, fue un gobierno presidencialista, ya que Aguirre concentró muchos poderes al ser al mismo tiempo lendakari y consejero de Defensa, en un momento en que la prioridad era la guerra.

Para el mantenimiento del orden público se creaba la policía foral (Ertzaña), los presos quedaban sometidos a la jurisdicción ordinaria y se protegía a la pequeña y mediana propiedad.

La consecuencia de todo ello fue que la situación política y social del País Vasco republicano fue completamente diferente a la del resto de la zona republicana ya que allí se respetó a la Iglesia católica, no hubo revolución social ni «checas» ni tribunales actuando al margen de la ley, y existió además un pluralismo político mucho mayor.

[2]​ Fueron creados un ejército (el Euzko Gudarostea, o Ejército Vasco) y una marina de guerra, (Euzko Itsas Gudarostea, o Marina de Guerra Auxiliar de Euzkadi) que intentaron hacer frente a las fuerzas del bando sublevado, especialmente las mandadas por el general Mola.

[2]​ Los batallones del Euzko Gudarostea formados por los nacionalistas vascos no se unificaron con las milicias de otros partidos y sindicatos permaneciendo bajo el control directo de Aguirre y del PNV.

[9]​ A comienzos de 1939, tras la caída de Barcelona y la derrota republicana, el Lehendakari Aguirre marchó al exilio y con él también su gobierno, que seguiría presidiendo hasta su fallecimiento en 1960.

La invasión alemana de Francia obligó al lehendakari José Antonio Aguirre a esconderse durante más de un año en Bélgica y en Berlín, hasta que consiguió un pasaporte que le permitió abandonar Alemania.

Irujo buscó el apoyo del general de Gaulle, exiliado en Londres como él, a la república vasca que proyectaba, y que se instauraría cuando acabara al guerra con la victoria de los aliados.