Como representante de esta institución, formó parte del Consejo Foral de Navarra.Tras su paso por el Consejo Foral, ejerció la abogacía hasta 1979, al tiempo que ocupaba cargos en el PNV, en el que ingresó en 1975.
Un año después, fue sustituido por José Antonio Ardanza por discrepancias con la dirección de su partido.
Su mandato se caracterizó por la construcción del gobierno e instituciones autonómicas vascas.
Fue una etapa que se caracterizó por la austeridad en el gasto gubernamental, o la consecución del Concierto Económico vasco en 1981.
Durante su mandato también se abrió la posibilidad de sindicación a los funcionarios del Gobierno Vasco, un asunto que fue muy polémico en su día.
El fracaso electoral (la candidatura no consiguió ningún escaño, debido fundamentalmente a la caída del voto en Navarra y el País Vasco) hizo que Garaikoetxea presentara la dimisión como presidente de Eusko Alkartasuna,[5] que no fue aceptada.