En septiembre de 1986 se creó un nuevo partido político liderado por Garaikoetxea, Eusko Alkartasuna (EA).

Durante la crisis Mario Fernández cesó también como vicelendakari, aunque se mantuvo como parlamentario del PNV hasta octubre de 1986.

Los pobres resultados obtenidos le hicieron renunciar a tomar posesión del acta de concejal y abandonó la política.

[8]​ Tras abandonar el BBVA ingresó en 2002 como socio del bufete de abogados Uría Menéndez.

[9]​ En abril de ese mismo año se vio envuelto en el escándalo de las cuentas secretas del banco BBVA que se produjo cuando él era un alto cargo del banco.

[12]​ Tras su salida de la entidad fue investigado por la Fiscalía por unas irregularidades en su gestión, cometidas para beneficiar económicamente al exdelegado del gobierno Mikel Cabieces a costa del patrimonio de la entidad.