La formación retórica que adquirió en el noviciado le ayudó a desarrollar unas dotes dialécticas y oratorias poco comunes, por lo que resultó un tribuno muy difícil de rebatir por sus adversarios políticos y por sus correligionarios.[12] Su actividad comenzó en los tiempos más difíciles para el partido, cuya estructura interna se encontraba muy debilitada en esos momentos.Junto con dirigentes históricos del PNV como Juan Ajuriaguerra condujo el nacionalismo vasco hacia la transición, ocupando Arzalluz cargos políticos destacados tras la llegada de la democracia.El PNV, que formaba por entonces parte primero del Grupo Vasco-Catalán y luego de la Minoría Vasca, no estuvo presente en la ponencia que redactó la Constitución, aunque como relata el propio Arzalluz, eran informados por Miquel Roca, representante del Grupo Vasco-Catalán, de las conversaciones que en este contexto se producían.El PNV presidió el Gobierno Vasco desde 1980 hasta 2009, año en que fue sucedido por el PSE, hasta que en 2012 lo presidió de nuevo.En 1981 Xabier Arzalluz, junto a otros dirigentes del PNV, mantuvo tres reuniones con la cúpula de ETA político-militar, que había anunciado una tregua y estaba debatiendo su abandono definitivo de las armas.De dichos acuerdos consiguió importantes transferencias de competencias y una notable mejora del Concierto Económico, que es el que regula la relación tributaria entre los gobiernos central y vasco.Ya apartado de la dirección del partido, Arzalluz mantuvo una importante influencia en este.Unos sacuden el árbol, pero sin romperlo, para que caigan las nueces, y otros las recogen para repartirlas».[23] Sus memorias fueron publicadas en el libro de Javier Ortiz titulado Arzalluz: Así fue (2005),[24][25][26] en el que desmiente la biografía no autorizada Arzalluz: La dictadura del miedo (2001) realizada por José Díaz Herrera e Isabel Durán, y en la que le relaciona con ETA y con la corrupción.
