También se aplicó el nombre al conjunto de unidades militares leales a la República en Vizcaya y Guipúzcoa durante la guerra, en parte dirigidas por el Gobierno Provisional del País Vasco.

El primer jefe del Eusko Gudarostea fue el capitán de intendencia Cándido Saseta y lo controlaban los diputados del PNV Manuel de Irujo, José María Lasarte y Telesforo Monzón.

Por otro lado, el control político del Eusko Gudarostea recaía en el EBB (Euzkadi Buru Batzar, Comisión Ejecutiva de Euskadi del PNV), y uno de sus objetivos era mantener el orden público.

Las milicias vascas dentro del Ejército Popular de la República mantuvieron su identidad en otros frentes aunque, una vez que quedaron integradas en el Ejército Popular, ya no volvieron a formar un cuerpo similar al Eusko Gudarostea.

Las milicias nacionalistas, entre ellas el Eusko Gudarostea propiamente dicho (la milicia del PNV) combatían bajo la ikurriña, por Dios y por la patria vasca,;constituyeron 37 de los 90 batallones del ejército republicano en el País Vasco.

La flotilla de bous llegó a enfrentarse al crucero Canarias en el combate del cabo Machichaco.

Con ello, desaparecía el primitivo Euzko Gudarostea aunque su esencia se mantuvo en la nueva formación creada.