El batallón fue organizado por el Gobierno Provisional del País Vasco, presidido por el lendakari José Antonio Aguirre, y luchó bajo el liderazgo del oficial Kepa Ordoki.
Durante la Segunda Guerra Mundial tuvo lugar un primer intento de crear un batallón vasco para participar en la guerra, el intento lo llevó a cabo el político de origen navarro, dirigente del Partido Nacionalista Vasco, Manuel de Irujo.
Irujo y el general francés Charles de Gaulle, el líder de la Francia Libre, acordaron formar un batallón de infantería integrado por soldados vascos, sin embargo dicho batallón fue disuelto por el alto mando aliado y no llegó a entrar en combate.
El Batallón Guernica fue creado en 1944 por orden del gobierno vasco en el exilio y estaba dirigido por el oficial Kepa Ordoki, miembro de Acción Nacionalista Vasca y albañil de profesión, el batallón tenía como bandera la ikurriña.
Cuando el general Charles de Gaulle pasaba revista a las tropas vascas en el aeródromo de Grayan, mencionó lo siguiente al comandante Ordoki: [1]