Ese mismo año había publicado su primer libro, Colección de poesías escogidas, con Juan José Bueno.También en 1848 publica Estudios históricos, políticos y literarios sobre los judíos de España, que es traducida a varios idiomas.Fue elegido vicerrector en 1867 y rector en 1868, cargo del que fue apartado por «La Gloriosa» durante poco tiempo, pues fue repuesto en su cátedra a los dos años.En 1868 fue elegido director del Museo Arqueológico Nacional, aunque dimitió tras «La Gloriosa» al ser destituido el 4 de diciembre como rector de la Universidad; su hijo Rodrigo ocuparía después ese puesto.Fue un hombre polifacético (poeta más bien mediocre, autor de tres dramas históricos, traductor) pero es más bien conocido como historiador de la literatura hispánica antigua, historiador del arte y arqueólogo.Siguiendo una metodología positivista, acumula datos, documentos y textos, así como juicios críticos.En una introducción escribe que emprendió esa tarea movido por un palpable vacío en cuanto a la existencia de una historia literaria española y resume las principales corrientes europeas de esa disciplina en aquel momento.Amador de los Ríos desarrolló una amplia labor en el ámbito del patrimonio arqueológico y artístico.En 1846 se añadió como dibujante a las excavaciones su hermano Demetrio de los Ríos, recién licenciado en Arquitectura.Su intervención fue decisiva en 1859 para retornar el tesoro visigodo de Guarrazar (Toledo), vendido a Francia sin permiso del Estado español.Además ordenó practicar excavaciones en el lugar del hallazgo y allí se descubrió la inscripción funeraria en la que, con Aureliano Fernández-Guerra, identificó unos versos de Eugenio de Toledo.Con estas experiencias redactó El arte latino-bizantino en España y las coronas visigodas de Guarrazar: Ensayo histórico crítico (Madrid 1861), en parte como respuesta a la Description du Trésor de Guarrazar [7] publicada un año antes por Ferdinand de Lasteyrie en la que este defendía que la técnica del cloisonné era extraña a la Península.
