Se da entonces una respuesta inmunitaria exagerada contra sustancias y tejidos que normalmente están presentes en el cuerpo.
[3] Las más comunes son la enfermedad celíaca, la diabetes tipo 1, la artritis reumatoide, el lupus eritematoso sistémico y la esclerosis múltiple.
Esta asociación se explicaba mediante un mecanismo denominado "imitación molecular", basado en el estrecho parecido entre antígenos (o, más correctamente, epítopos) de los microorganismos y autoantígenos.
[5] Otra teoría deja entrever que los microorganismos exponen autoantígenos al sistema inmunitario por medio del daño directo a los tejidos durante la infección activa.
Finalmente, el antígeno debe ser presentado al sistema inmunitario, tras su paso a través de la barrera intestinal, que normalmente es bloqueado cuando ésta funciona correctamente.
La susceptibilidad a desarrollar al menos 50 enfermedades se ha asociado con alelos específicos HLA de clase I o II.