Fue parte de la Intendencia de Trujillo, que llegó a tener nueve partidos que fueron Trujillo, Lambayeque, Piura, Cajamarca, Huamachuco, Chota, Moyobamba, Chachapoyas, Jaén y Maynas.En sus orígenes parecía un cuartel general en el que se organizaban las expediciones de reconocimiento y misiones evangelizadoras.Tras la fiebre del caucho en el río Amazonas, gran parte de la población, abandonó la región con el fin de encontrar nuevas riquezas, en su lugar, llegaron a la región las primeras familias extranjeras (principalmente de Francia, Rusia y el Imperio Otomano) que empezaron a desarrollar el movimiento comercial con el Brasil.Hasta antes de la construcción vial, la comunicación regional se realizaba por vía aérea, y casi todas las localidades contaban con su propio aeropuerto o campo de aterrizaje, también era muy activo el flujo comercial fluvial con Iquitos y el Brasil.En varias oportunidades los poderes políticos de Lima intentaron redefinir la región.Durante la guerra contra el terrorismo entre 1990 y el año 2000, la zona sur de la región (Tocache, al igual que grandes áreas de las provincias de Mariscal Cáceres, Bellavista, Huallaga y numerosas localidades en el resto del departamento, quedaron inmersos en la violencia y poder del narcotráfico.San Martín es una de las regiones con mayor crecimiento demográfico del país.Se espera que para el 2021 la región supere con creces el millón de habitantes[cita requerida].Los primeros habitantes de la región fueron los chachapoyas, chayahuitas, chazutas, huambishas, uquihuas, entre otros numerosos grupos étnicos que dejaron vestigios de su sociedad, tanto en nivel cultural, social, lingüístico y arquitectónico.En la actualidad existen más de 16 grupos étnicos amazónicos distintos en San Martín, entre los cuales destacan los grupos quechua lamistas, aguaruna y chayahuita, que poseen aproximadamente 20,000 y 7,000 miembros respectivamente.[cita requerida] Estas poblaciones tienen mayor representación en la zona del Alto Mayo (provincias de Moyobamba y Rioja) dónde poseen territorios respectivos, comercian entre miembros de cada comunidad y reciben educación bilingüe.Suman unos 35 000 miembros, concentrándose la mayoría en la ciudad de Lamas y sus alrededores[cita requerida].Son pocos los miembros de la primera gran migración que evitaron el mestizaje, en la actualidad se concentran en Moyobamba y otros en Lima.La mayoría de ellos poseen apellidos reconocibles como Benzaquen, Mosés, o Bayamian.Aunque no existen datos precisos se aproxima su población total entre 1,000 y 2,000 miembros, concentrándose en Moyobamba.Sus miembros, alrededor de 200[cita requerida], se concentran sobre todo en Tarapoto, donde poseen una pequeña sinagoga, una emisora radial y un periódico virtual.Existen también algunas familias de origen palestino, sirio, ruso y belga.Existen centros avícolas numerosos, que han tenido en los últimos años un aumento de carácter explosivo.Los principales platos típicos son: Las bebidas típicas más usuales son: masato, aguardiente, ventisho, siete raíces, uvachado, chuchuhuasi, chapo, chicha fuerte y cortesachados.
