[2]​ Desde su fundación Moyobamba fue una metrópoli desde donde partían misioneros, soldados y comerciantes a fundar poblaciones en la Amazonía peruana, siendo el principal foco de la exitosa evangelización del actual Oriente Peruano.

Llegaron hasta las orillas del río Mayo y se establecieron en la llanura llamada “Muyupampa”, y otros en Lamas, en el sitio que dieron por nombre Ancoallo, cuyo barrio existe hasta la fecha.

En 1746 la población de Moyobamba fue reubicada 4 km al este desde un sitio llamado Ocsapampa debido a los daños causados por un terremoto.

Don Pedro Pascasio Noriega, por encargo directo del Libertador José de San Martín, inició el levantamiento en Moyobamba, a favor de la independencia, marchando por Cajamarca a Chachapoyas y Moyobamba.

A finales de 1940, llegan a la ciudad refugiados de la Segunda Guerra Mundial, entre ellos polacos y serbios[cita requerida]; asimismo llegan pobladores de origen japonés asentados en Lima, luego que se desataran ataques y una política contra ellos por la unión del Perú a los Aliados en la Segunda Guerra Mundial.

Entre 1967 y 1968, Moyobamba es interconectada por vía terrestre con el resto de la nación, mediante la actual carretera Fernando Belaúnde Terry.

Desde 1987, debido a la grave espiral de violencia que se vive en otras zonas del país, y ante la cual Moyobamba queda casi inmune, varios contingentes de desplazados llegan a la ciudad; atiborrada de ellos y con pocos proyectos habitacionales para acogerlos, la densidad urbana y el hacinamiento se disparan, generándose problemas de abastecimiento que afortunadamente no llegaron a desembocar en conflictos sociales.

Varias agencias bancarias, además de centros comerciales e instituciones públicas quedaron dinamitadas.

En 1998, se llevaron a cabo los últimos estragos del terrorismo en la zona, esta vez con atentados dirigidos contra torres de alta tensión y subestaciones de energía eléctrica que dejaron la ciudad sin servicio eléctrico en múltiples oportunidades.

Moyobamba posee una importante parte de población de orígenes indígenas (awajún, quechuas, jeberos), asimismo descendientes y elementos portugueses, alemanes, croatas, chinos, polacos, se han integrado a la sociedad creando una singular y rica cultura local, siendo una de las capitales regionales con la mayor diversidad étnica y étnico-religiosa del país.

Se evidencia una elevada proporción de ateos y personas que practican el chamanismo.

La ciudad de Moyobamba tiene cuatro barrios tradicionales bien definidos: Zaragoza, Lluyllucucha, Calvario y Recodo o Belén, cada uno con sus sectores.

Cada barrio tiene su historia: Moyobamba se encuentra emplazada en la región Amazónica nororiental del Perú, sobre un amplio valle denominado Alto Mayo.

El resultado es un serio golpe a la ética ambiental, siendo esta la que proporciona un perfil de ciudad ecológica.

El problema ocurre generalmente en los asentamientos humanos informales y mercados como el de Ayaymaman.

En otros casos menores, parecen ignorar los cubos, que están cerca a su alcance, y botan la basura al suelo de todos modos.

La contaminación sonora provocada por su ruidoso transporte público también afecta seriamente a la ciudad, y siempre ha sido tolerada ignorando las alarmas a pesar de cobrar gran intensidad en los últimos años.

Además, Moyobamba es una gran opción económica para el crecimiento de pequeños supermercados por ser una ciudad grande, es una ciudad donde cantidades gigantescas de personas viajan a la costa solo para comprar en los grandes hipermercados como Ripley, Plaza Vea, Tottus, Saga Falabella, Piers, etc. Lo cual fue aprovechado por los inversionistas mayoritarios, construyendo así grandes supermercados en la ciudad, una de ellas es O-Mega Plaza Moyobamba y TOTTUS-Hiperbodega precio uno Moyobamba considerado el más grande de toda la Región de San Martín, además Moyobamba cuenta con un Strip Center denominado Cinerama Plaza , único cine en Alto Mayo.

Moyobamba cuenta con tres comisarías que funcionan para todo su área metropolitana.

Actualmente, las empresas en la localidad son: En AM: En FM: Moyobamba también cuenta con medios digitales de información como: