Actualmente, la sede en Lima cuenta con cinco facultades divididas en 18 carreras profesionales.

Además, desde 2002 funciona una filial en Juliaca, Puno y desde 2005, otra en Tarapoto, San Martín.

La universidad posee la marca Unión, dedicada al sector de la alimentación.

Sus primeros rectores fueron: Máximo Vicuña Arrieta, Walter Manrique Pacheco y Merling Alomía Bartra.

Del total de 92 universidades licenciadas en el Perú,[6]​ la Universidad Peruana Unión se ha ubicado regularmente dentro del tercio superior a nivel nacional en determinados rankings universitarios internacionales.