Se crea auspiciada por la promotora Asociación Cultural Oriente Peruano (ACOP), designando una Comisión Organizadora.

En los primeros años, la universidad no tenía un sistema administrativo fijo.

Esto hizo que la casa superior de estudios peligrara en su gestión.

Gracias a las contribuciones de la Comisión, el alumnado fue creciendo gradualmente hasta 50.

Durante el rectorado de Íbico Rojas Rojas, iniciado en 2003, el alumnado creció hasta lograr 300 estudiantes, resultado del orden administrativo y disciplinario de la universidad.

[3]​ Es en este año que la Universidad Particular de Iquitos cambió su nombre a Universidad Científica del Perú (UCP) mediante solicitud al entonces operativo Consejo Nacional para la Autorización de Funcionamiento de Universidades (CONAFU)[4]​ Después del controvertido caso, el sistema administrativo de la universidad se regularizó, y junto a esto vino un gran cambio en el profesorado, la estructura de las aulas y el mejoramiento estudiantil.

Estará dirigido por el inglés Joe Plumb Nathaniel, guardando convenio con la Universidad de Newcastle upon Tyne y la fundación Bobby Robson.