En torno a todas estas, existió una atmósfera de sospechas, envidia y mala voluntad entre los tres pueblos hermanos.
Esto explica la multitud de causas que se encuentran en la literatura para la guerra del Pacífico.
Una vez asentado el imperio español en la costa oeste de América del Sur en el siglo XVI, se creó una estructura administrativa adecuada a las ganancias que proporcionaban las regiones a la metrópolis central, quedando Perú como un virreinato y Chile como una capitanía general.
La capitanía del sur era tan pobre que Lima debía financiar las defensas españolas con el Real Situado.
Tras las primeras batallas de la independencia, los nuevos gobiernos no tardaron en comprender que no habría paz ni independencia duradera hasta que se expulsase el último reducto colonial de América del Sur.
Esa empresa también dejaría ronchas entre los vecinos: los costos de expedición, la intervención de San Martín en la política interna del Perú (que el gobierno chileno le había expresamente vedado), y los roces entre Cochrane y San Martín ensombrecieron la relación entre las dos nuevas repúblicas.
Durante las primeras décadas republicanas, las nuevas naciones siguieron su desarrollo sin el contacto directo con sus vecinos, separados por vastas regiones inhabitadas, que impedían una confrontación pero también el conocimiento cabal y más aún el aprendizaje mutuo.
Fabián Berríos cita a Simón Bolívar:[4]: 91 "Yo considero el estado actual de América, como cuando desplomado el imperio romano cada desmembración formó un sistema político conforme a sus intereses y situación, o siguiendo la ambición particular de algunos jefes, familias o corporaciones ..." El caudillismo creó gobiernos aferrados al poder y no al servicio del bienestar de la población, gobiernos incapaces de llevar a cabo políticas que eran necesarias pero que podrían poner en peligro su permanencia en el poder.
La salida boliviana natural al Pacífico es por Arica, entonces puerto peruano que Bolivia pretendió ocupar ya sea por compra o por la guerra.
Esto impidió el interés boliviano en los depósitos guaneros de su costa que fueron explotados por empresarios peruanos.
Dentro de América Latina el país del sur había logrado una inédita estabilidad política, un sólido desarrollo institucional.
Perú fue siempre, visto desde Chile, como un país de enormes recursos humanos y naturales.
El desarrollo social alcanzado por los tres países era diferente y lejano a lo que hoy conocemos.
[4]: 250 En Perú, cuyos gobiernos se sucedían al ritmo de derrocamientos, existían aun mayores desigualdades.
También significó una dependencia financiera y tecnológica de los países centrales: los avanzados elementos del material de guerra, cañones, fusiles y barcos, vendidos por los países centrales eran dificílmente reemplazables por productos nacionales.
La Gran Depresión (1873-1896) afectó las economías de los tres países que ya estaban débilitadas.
[4]: 241 Cuando Perú entró en pingües negocios con la exportación del guano, el gobierno chileno de Bulnes, para asegurar su soberanía sobre posibles depósitos, declaró en 1842 por decreto que la frontera norte del país alcanzaba hasta el paralelo 23°S, provocando la protesta de Bolivia que consideraba que sus derechos llegaban hasta el paralelo 26°S de la costa del Pacífico.
[notas 1] El candente conflicto pudo ser postergado por la llegada a las costas americanas de la sospechosa Comisión Científica del Pacífico que terminaría en la guerra de Ecuador, Bolivia, Perú y Chile contra España.
Un tratado defensivo unió a Perú y Bolivia en 1873 para "reducir a Chile al límite que no debía sobrepasar"[8]: 2275 , posteriormente se esperaba el ingreso de Argentina que disputaba con Chile Tierra del Fuego y Patagonia.
Perú entonces instruyó a su embajador en Buenos Aires, rechazar "sin que se note" cualquier intento argentino de revivir el tratado secreto.
Se debe notar que al firmar el Tratado de 1874, Bolivia no tuvo la anuencia del Perú, violando así el Tratado de 1873 que preveía una acción conjunta en tales casos.
Este plan requería el concurso del gobierno boliviano, para que por un lado “adoptara leyes de impuestos y reglamentaciones análogas a las que el Perú” y por el otro se suscribieran acuerdos comerciales bilaterales.
La CFSA, a través de sus accionistas y la prensa, ejerció presión sobre el gobierno chileno para ocupar esos territorios.
Estos grupos ejercían presión contra una guerra porque sabían que sus propiedades y derechos en el altiplano serían confiscados en caso de la ocupación, tal como ocurrió posteriormente.
Cuando Hilarión Daza se enfrentó a Chile por el nuevo impuesto, solicitó al presidente peruano Prado la entrada en vigor del Tratado Secreto.
Esta fase del conflicto puede entenderse como coacción no violenta, dado que las fuerzas bolivianas se retiraron de la zona frente a una fuerza armada que le sobrepasaba en número y armas en una ciudad poblada mayoritariamente por chilenos.
Bolivia continuó ejerciendo soberanía sobre el territorio al norte del 23°S hasta la frontera con Perú.
[8]: 2293 Colocado en esa disyuntiva, el gobierno de Perú envió a Chile una delegación para ofrecer su mediación en el conflicto.
Daza, el presidente de-facto boliviano, vio grandes expectativas de éxito porque creía que Perú era una potencia militar a la que Chile debía temer y declaró la guerra a Chile en marzo de 1879.
En respuesta Chile ocupó el litoral boliviano hasta el río Loa, que era considerado la frontera con Perú.