El conjunto, iniciado de inspiración renacentista y continuado siguiendo los modelos del Barroco, tiene un cierto sabor colonial, sin perder su esencia conventual.La iglesia siguió abierta al culto y el convento sirvió como instalaciones militares desde 1844.El 28 de febrero de 1969 un nuevo terremoto azotó la zona (con este son tres los que dañan la estructura del edificio) y volvió a ser clausurada para una necesaria restauración, bajo la dirección del arquitecto Rafael Manzano, finalizando en 1977 las obras.Construida en ladrillo revocado, está organizada en tres cuerpos individualizados por cornisas.Situada en la cabecera del templo, cuenta con un altar exento sobre solería de mármol gris y rojo.La escultura representa a la Virgen María erguida y con el Niño Jesús en sus brazos.Fue atribuida por primera vez al escultor jiennense por Diego Díaz Hierro en 1955, quien apuntaba también a la posible autoría de Alonso Cano.Aunque coincide en su advocación con la Patrona de la ciudad, no debe ser confudida con ella, ni presenta ningún atributo iconográfico que justifique su nombre.La nave central predomina sobre las laterales y está cubierta por bóveda de cañón dividida en cinco tramos.La tribuna en desuso ya en época de su construcción pudo ser debida a la reforma mercedaria medieval del edificio.La iglesia se sostiene mediante pilares, de los que destaca los cuatro de sección cruciforme que soportan la cúpula del crucero, con pilastras adosadas rematadas en capiteles corintios.La cabecera de la nave del Evangelio está ocupada por la Capilla Sacramental.En las calles laterales, pequeñas tallas de los santos mártires Lorenzo y Catalina.A continuación, encontramos una hornacina de arco trilobulado sostenido sobre estípites.Fue realizado en la primera mitad del siglo XVIII en madera dorada y policromada a imitación de mármol.El siguiente retablo alberga a la titular del templo, Nuestra Señora de la Merced.El retablo, ocupado anteriormente por la Virgen de la Cinta que hoy figura en la capilla mayor, es una hornacina de medio punto enmarcada por un dosel tallado del siglo XVIII decorado con atributos marianos, ángeles, flores y frutas.La hornacina central alberga una imagen dieciochesca de San Antonio Abad.Sobre su puerta vemos un cuadro de San Lorenzo pintado por Herrera el Viejo.Su advocación, existente en 1657, se debe a los grilletes que ciñen sus pies.La sala capitular se encuentra en la tribuna superior de la nave del Evangelio.
Antiguo convento de La Merced, anexo a la catedral, hoy propiedad de la
Universidad de Huelva
