[1] La mayor división político-ideológica durante este período fue entre los ishin shishi, un incipiente nacionalismo antioccidental que creció entre los Tozama-daimio («señores externos») y el gobierno del Shogun, incluyendo el cuerpo de élite Shinsengumi, que se produjo tras la llegada del Comodoro Matthew Perry a costas japonesas.
[2] La oposición contra Abe Masahiro creció rápidamente, principalmente en los círculos fudai, que se oponían a abrir consejos bakufu al Tozama-daimio; siendo reemplazado en 1855 como presidente de los concejales por Hotta Masayoshi (1810-1864).
[2] La apertura de Japón al descontrolado comercio extranjero trajo consigo una inmensa inestabilidad económica, pues mientras que algunos empresarios prosperaban, muchos más quebraban.
[4] Durante los años de 1860, las sublevaciones campesinas (hyakushō ikki) y disturbios urbanos (uchikowashi) se incrementaron.
La violencia hacia los extranjeros y aquellos con quienes comerciaban se incrementó a principios de 1860.
En mayo de 1863, el consulado norteamericano en Edo también fue incendiado, hecho que finalmente hizo estallar a las naciones extranjeras.
El clan Shimonoseki Chōshū, bajo el control del señor Mori Takachika, siguiendo la orden, comenzó a tomar acciones para expulsar a los extranjeros, fijando come fecha límite el 10 de mayo (del calendario lunar), para acabar con todos ellos.
La misión resultó un total fracaso, pues los países europeos no vieron ninguna ventaja en apoyar aquella proposición.
Como el bakufu se declaró incapaz de aplacarlos, las fuerzas aliadas decidieron montar expediciones militares por su cuenta.
[1] En la mañana del 16 de julio de 1863, bajo sanción del ministro Pruyn, en una aparente rápida respuesta a un ataque perpetrado a los estadounidenses en Pembroke, la fragata USS Wyoming bajo el mando del Capitán McDougal partió rumbo al estrecho de Shimonoseki y enfrentó directamente a la débil flota rebelde (la cual estaba conformada por los barcos que ellos mismos les habían dado en 1862).
La Marina Real Británica bombardeó a la población de Kagoshima y destruyó algunos barcos.
[7] Estos conflictos llevaron a la conclusión por parte del bakufu de que una guerra directa con las naciones occidentales no era la solución para Japón.
Como este continuaba sus esfuerzos de modernización, los daimios[8] occidentales (especialmente Satsuma y Chōshū) también continuaron una intensiva labor de modernización para poder construir un Japón más fuerte y establecer un gobierno más legítimo bajo poder imperial.
[9] La venganza naval extranjera en la guerra Anglo-Satsuma al final condujo a otro tratado comercial concesionario en 1865, solamente que Yoshitomi no los podía hacer cumplir.
El ejército del bakufu fue derrotado cuando fue enviado a resolver una disensión en el han (feudo), entre la Provincia de Satsuma y Chōshū en 1866.
Este intentó reorganizar el gobierno debajo del Emperador mientras que preservaba el papel de la dirección Shogun, un sistema conocido como kōbu gattai.
Después de una conferencia entre los daimio,[8] la Corte Imperial publicó un edicto, arrebatando el poder al Shogun en (1867).
Tokugawa Yoshinobu aceptó, retirándose de la Corte Imperial a Osaka al mismo tiempo que dimitió como Shogun.
Tras la guerra Boshin (1868-1869), el bakufu fue abolido, y Yoshinobu degradado al rango de un daimio común.