Dichas instituciones han sido ordenadas en tres listados diferentes: en el primero se consignan las universidades fundadas, es decir, siguiendo un orden cronológico de acuerdo al año en que fueron otorgados sus documentos fundacionales (real provisión, real cédula y bula o breve pontificios); en el segundo van las universidades en funcionamiento continuo desde su fundación, es decir, aquellas consideradas actualmente las más antiguas, prescindiendo de aquellas extinguidas hasta el siglo XIX; y, en la tercera, los colegios mayores, instituciones que, de acuerdo a la normativa de la época, servían de alojamiento como internados a los estudiantes universitarios pero que, en numerosos casos, cumplieron la función de «facultades docentes» de las universidades a las cuales se hallaban adscritas.
No se consignan universidades brasileñas pues no hubo establecimientos semejantes en Brasil sino hasta el año 1909, cuando se funda en Manaos la Universidad de Manáos.
La demanda local menor de especialistas teológicos y jurídicos fue ampliamente cubierta por los colegios jesuitas (desde 1549), mientras que los estudiantes que aspiraban a la educación superior tenían que cursar estudios en la Universidad de Coímbra.
Otras escuelas superiores (el equivalente a las facultades) surgen desde 1827.
[1] Estaban distribuidas del modo siguiente: cinco en el Perú; cuatro en Chile; tres en México y en el Ecuador; dos en la República Dominicana, en Colombia y en Venezuela; una en la Argentina, en Bolivia, en Guatemala, en Cuba y en Nicaragua; además de una en Bolivia que no llegó a instalarse jamás.