Universidad Pencopolitana

Como consecuencia, la sede episcopal es trasladada a Concepción por fray Reginaldo de Lizárraga, en 1603, y el Seminario cesa sus funciones.

Así, en 1724, antes de dejar la diócesis para asumir el arzobispado de Charcas, Nicolalde, ultimó el acuerdo con la Compañía, la que tendría todo el manejo docente del Seminario.

Este establecimiento ya había atraído, fuera de los becarios para el sacerdocio, un número importante de alumnos cuyos estudios eran costeados por sus familias, pues se trataba del único establecimiento de su tipo en el sur del país.

En la Colonia funcionaron en Chile tres centros de enseñanza superior con categoría de universidades pontificias, que tenían un carácter fundamentalmente eclesiástico.

Según el autor Gabriel Guarda, recibió oficialmente la autorización papal el año 1730.