Pero con el correr del tiempo los jesuitas comenzaron a ganar terreno en las preferencias del público, e incluso adeptos suyos obstruyeron la entrega de las subvenciones reales que correspondían a la Universidad Pontificia de Santo Tomás de Aquino.

Siguiendo lo hecho en Portugal (1759) y Francia (1763), el rey dispuso que en todos los territorios sujetos a su jurisdicción fueran aprehendidos y luego expulsados los jesuitas y su patrimonio incautado.Las provincias jesuíticas en territorios sujetos al rey de España eran: Castilla, Aragón, Andalucía, Toledo, México, Nuevo Reino de Granada, Quito, Perú, Chile, Paraguay y Cerdeña.

Los 380 jesuitas aprehendidos en Chile (235 eran sacerdotes) sin oponer resistencia fueron embarcados hacia España, arribando la mayoría a Cádiz en 1768.

Desde allí fueron enviados a Imola en Italia, en la jurisdicción de los Estados Pontificios.

Mediante la breve apostólico Dominus ac Redemptor el papa Clemente XIV dispuso la supresión de la orden en 1773.