Si bien estas órdenes vinieron a servir la demanda educativa de los chilenos, ya establecido el siglo XVIII empezaron a notarse en falta carreras importantes.Un chileno podía ser maestro en filosofía y doctor en matemáticas, pero al no ser también licenciado en medicina o doctor en leyes, por más talento que tuviese quedaba en una situación de inferioridad si es que no quería dejar a su familia y migrar a Lima.Elevando al rey la solicitud para que se autorizara la creación de tal.[3] La Real Universidad tomó el nombre del apóstol San Felipe al ser propuesto por el alcalde, en «memoria eterna de nuestro rey y señor Felipe V, que Su Majestad Divina prospera en repetidos ascensos de la monarquía».[7] El Cabildo acogió la solicitud, y a fin de obtener la fundación de la universidad, no se contentó a solicitarla del Rey, a interponer en ella las influencias de los obispos, de la Real Audiencia y del Presidente del Reino, sino que contrataron a un letrado de la corte, llamado Manuel Antonio Valcarce Velasco, para que así pudiese reforzar los argumentos e «inclinar el ánimo del monarca en el sentido que se deseaba».[9] Durante los años siguientes, los obispos y el cabildo tramitaron e hicieron presión para conseguir la fundación de la universidad, buscando formas de financiamiento sin descuidar la obra pública chilena.Organizó los cursos que se dictaron, controló la asistencia de alumnos y profesores, y fue tenaz opositor a la entrega de títulos a quienes no cumplían los requisitos académicos (era común comprar grados académicos en esa época).Esta estructura funcionó regularmente hasta 1813, cuando la universidad se desintegró parcialmente para la constitución del Instituto Nacional.[13][14] Durante la Patria Vieja, la creación del Instituto Nacional en 1813 le sustrajo la función docente.[15] La universidad expidió 620 títulos de filosofía, 569 en teología, 526 en derecho, 40 en matemáticas y 33 en medicina.El vicario capitular de Santiago, provisor del Obispo, férreo realista durante la Independencia y candidato eterno al obispado de Santiago en lucha con las autoridades patriotas, monseñor José Santiago Rodríguez Zorrilla, también fue rector, como su hermano José Joaquín Rodríguez Zorrilla.
José Tomás Ruiz de Azúa, primer rector de la Universidad.
