En su momento no pudo estudiar Derecho, por estar aquejado de una enfermedad a la vista.

[6]​ En 1925 se crea el Archivo Nacional, y aunque el puesto de director le habría estado destinado a Thayer Ojeda, una supuesta "intriga política" le habría privado de este empleo.

Realizó una solitaria incursión en las ciencias con una breve obra sobre física: Hipótesis sobre la formación de la materia (1939), que en 1940 era anunciada como "primera parte" de una obra mayor, pese a lo cual Thayer Ojeda nunca volvería a publicar sobre el tema.

De entre su labor historiografica también cabe destacar la polémica mantenida con Aniceto Almeyda Arroyo en los años 1944 y 1945.

[8]​ En ese discusión Thayer defendendió la tradicional atribución del poema y crónica de Indias del siglo XVII Purén Indómito a Fernando Álvarez de Toledo, su propio ancestro con el que se había iniciado en la investigación historiográfica, mientras que Almeyda señaló que el verdadero autor era Diego Arias de Saavedra,[9]​[10]​ siendo esta última atribución la que actualmente se considera acertada.