Villegas hizo sus estudios elementales en el Real Colegio de San Carlos.
Su familia se trasladó a la Capitanía General de Chile en 1784, cuando él tenía temprana edad.
Habiéndose titulado como jurisconsulto comandó los resguardos del Norte y posteriormente fue juez de comisión en causas referentes al contrabando.
Realizó diversas acciones para sanear la hacienda pública, que no dieron los resultados esperados, como dar derecho a rebajar el precio de la onza de pan a los panaderos, debiendo pagar el fisco derechos dobles, creó una contribución por los animales que se sacrificaban y el estanco del tabaco, se rebajaron los sueldos, así como otras medidas.
Fue elegido diputado suplente —en reemplazo del diputado Vicente García que se le había concedido licencia— en el Congreso General Constituyente de 1823, representando a Huasco desde el 24 de septiembre, fecha en que prestó juramento pero renunciando al mes siguiente.
Hipólito Francisco de Villegas se unió en matrimonio en ese país con Juana de Astorga y Blanco,[3] conformando la rama chilena del linaje americano Villegas-Quevedo, teniendo seis hijos: