La ciudad se convirtió en la capital indiscutible del occidente de la Nueva España.
En 1695 se estableció el Colegio de San Juan Bautista para reforzar la educación impartida por los jesuitas.
En 1771, el obispo fray Antonio Alcalde y Barriga impulsó la fundación de la universidad.
De 1792 a 1821, la universidad tuvo nueve rectores notables.
Durante este período, la institución se vio afectada por eventos importantes, como el inicio de la Guerra de Independencia y la conversión del recinto universitario en cuartel.