Actualmente la mayor parte del valle se encuentra urbanizada, formando la zona metropolitana de Guadalajara.
Tiene forma de un llano y se encuentra entre 1530 a 1550 metros sobre el nivel del mar.
El valle se localiza sobre el Eje Neovolcánico, lo que puede explicar la presencia de diversos conos volcánicos cercanos a la ciudad.
El clima del valle es semicálido subhúmedo con lluvias en verano de humedad media (ACw1).
Al llegar el otoño, las precipitaciones disminuyen dando paso a días más soleados, con densas neblinas en las áreas periféricas, y disminuye la temperatura debido a los frentes fríos que soplan del norte.
La flora la constituyen las áreas verdes que se preservan para ornato y ambientación de la ciudad.
El registro actual de fauna en Guadalajara incluye 106 especies, de ellas 28 son mamíferos como venado cola blanca, puma, lince, coyote, zorra gris, tejón, tlacuache, liebre, mapache y conejos.
Así, se observan halcones, aguilillas, garzas, calandrias, tordos, codornices, búhos, correcaminos, pájaros carpinteros, especies de gorrión común y muchas más.
Cabe señalar que dentro de la ciudad se encuentran la típica fauna urbana, que serían animales como las palomas, gorrión común, ratas, perros, gatos, etc., así como también se encuentran el tipo de "fauna importada", que no son originarios de la región (o del país), consiguiéndose en tiendas especializadas en la fauna.