[2]​ Es considerada la mejor universidad del sureste mexicano y la máxima casa de estudios yucateca.

D. Martín del Palomar quien legó un predio situado una esquina al norte de la Catedral de San Ildefonso, cuyo solar abarcaba lo que hoy se conoce como Iglesia de la Tercera Orden, el Callejón del Congreso y el Teatro Peón Contreras.

En 1711 se incorporó al complejo educativo el Colegio Seminario de San Pedro, donde moraban dos maestros jesuitas y colegiales becarios.

[6]​ A su vez, fueron fundadas en fechas cercanas La Universidad Nacional del Poniente y la Universidad Nacional del Norte, con sedes en Guadalajara y Monterrey respectivamente.

[9]​ El Consejo Universitario está integrado por:[7]​ Es el jefe de la universidad, es designado por el Consejo Universitario en elección por escrutinio secreto, en sesión extraordinaria y su cargo dura 4 años, con posibilidad de ser reelegido una vez.

[7]​[10]​ Se desempeñaron como rectores interinos, en suplencia de los rectores propietarios, Cirilo Montes de Oca Ramírez, Hernán Canto Echeverría, Maximiliano Peniche Vallado, Martín Medina Rosado, Ramón Osorio y Carvajal y Pedro Cámara Milán, entre otros.

En 2022, las carreras con menor porcentaje de aspirantes admitidos debido a su alta demanda fueron medicina (5.47%), enfermería (9.75%), medicina veterinaria (12.80%), odontología (15.58%), rehabilitación (16.37%), mercadotecnia (18.73%), arquitectura (19.43%), nutriología (19.44%) y psicología (23.93%).

A diferencia de los otros campus universitarios, este no fue trasladado a modernos complejos, sino que continuará en el ex convento franciscano de "La Mejorada".

[28]​ La Universidad Autónoma de Yucatán ofrece 3 escuelas preparatorias,[29]​ 45 licenciaturas,[30]​ 15 diplomados,[31]​ 27 especializaciones,[32]​ 24 maestrías,[33]​ 4 doctorados.

[34]​ La clasificación académica (ranking académico) de la universidad se encuentra delimitada por una rigurosa metodología científica de tipo bibliométrico que incluye criterios objetivos medibles y reproducibles sobre la literatura de carácter científico y los autores que la producen en la universidad.

El CINDOC actúa como un observatorio de ciencia y tecnología disponible en la Internet.

[39]​ La clasificación del SCImago Research Group está basada en cuatro indicadores: número de artículos científicos publicados en revistas especializadas, colaboración internacional, impacto científico y publicaciones de alta calidad.

La universidad tiene selecciones que la representan en múltiples competencias, los deportes en los que se desempeñan son el ajedrez,[42]​ atletismo,[43]​ baloncesto,[44]​ béisbol,[45]​ esgrima,[46]​ fútbol,[47]​ fútbol rápido,[48]​ gimnasia,[49]​ halterofilia,[50]​ balonmano,[51]​ judo,[52]​ karate do,[53]​ softbol,[54]​ tae kwon do,[55]​ tenis,[56]​ tenis de mesa,[57]​ triatlón,[58]​ voleibol,[59]​ y voleibol de playa.