La universidad de San Francisco Javier remonta sus orígenes al Colegio de Mérida -establecido por cédula real del rey Felipe III con fecha del 16 de julio de 1611- en Mérida, Capitanía General de Yucatán aunque su apertura demoró hasta 1618.
D. Martín del Palomar quien legó 26 mil pesos en oro común y un predio al norte de la Catedral de Yucatán, lo que hoy abarca la Iglesia El Jesús - al ministerio de los jesuitas -, la Pinacoteca del Estado "Juan Gamboa Guzmán", el Congreso del Estado de Yucatán y el Teatro "Peón Contreras".
El 22 de noviembre de 1624, llegaron los permisos del Papa y del rey para conferir los grados académicos de Bachiller, Licenciado, Maestría y Doctorado y se erigió como la "Real y Pontificia Universidad de Mérida".
Es considerada la segunda en fundarse tanto en México como en Norteamérica, sólo después de la Real Universidad de México en 1551 y antes de la Universidad de Harvard en 1636.
En sus diferentes transformaciones, es considerada el origen de la Universidad Autónoma de Yucatán [1]