La Universidad Autónoma de Yucatán inició un proyecto para una nueva unidad fuera de la ciudad capital del estado en 1997.

La ciudad de Tizimín fue seleccionada por encontrarse distante a la ciudad de Mérida, por ser la segunda mayor ciudad del estado en ese momento, y por tener un nivel económico adecuado para establecer la nueva sede de la Universidad Autónoma de Yucatán.

[3]​ En las instalaciones se cuenta con un auditorio con capacidad para 130 personas.

[4]​ Desde su fundación, la Unidad Multidisciplinaria cuenta con 4 licenciaturas.

Al igual que muchas instituciones de educación superior en México, el examen de admisión para pregrado en la universidad es el Examen Nacional de Ingreso a la Educación Superior (EXANI-II) del Centro Nacional para la Evaluación de la Educación Superior (Ceneval), cuyo propósito es medir las habilidades y los conocimientos básicos adquiridos por los aspirantes a cursar estudios de nivel superior en las áreas de comprensión lectora, redacción, matemáticas, ciencias experimentales o sociales dependiendo de la carrera a la que se aspira e inglés.