Mutaciones positivas, negativas y neutrales durante la evolución de coronavirus como el SARS-CoV-2.
Las variantes del coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo ( SARS-CoV-2 ) son virus que, aunque son similares al original, tienen cambios genéticos lo suficientemente importantes como para que los virólogos los etiqueten por separado. El SARS-CoV-2 es el virus que causa la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19). Se ha afirmado que algunas son de particular importancia debido a su potencial de mayor transmisibilidad, [1] mayor virulencia o menor efectividad de las vacunas contra ellas. [2] [3] Estas variantes contribuyen a la continuación de la pandemia de COVID-19 .
Al 24 de septiembre de 2024 [update], las variantes de interés especificadas por la Organización Mundial de la Salud son BA.2.86 y JN.1, y las variantes bajo seguimiento son JN.1.7, KP.2, KP.3, KP.3.1.1, JN.1.18, LB.1 y XEC. [4]
Descripción general
No se ha identificado el origen del SARS-CoV-2. [5] Sin embargo, la aparición del SARS-CoV-2 puede haber resultado de eventos de recombinación entre un coronavirus similar al SARS de murciélago y un coronavirus de pangolín a través de la transmisión entre especies. [6] [7] Los primeros genomas virales del SARS-CoV-2 disponibles se recolectaron de pacientes en diciembre de 2019, y los investigadores chinos compararon estos genomas tempranos con cepas de coronavirus de murciélago y pangolín para estimar el tipo ancestral de coronavirus humano; el tipo de genoma ancestral identificado se etiquetó como "S", y su tipo derivado dominante se etiquetó como "L" para reflejar los cambios de aminoácidos mutantes. Independientemente, los investigadores occidentales llevaron a cabo análisis similares pero etiquetaron el tipo ancestral como "A" y el tipo derivado como "B". El tipo B mutó en otros tipos, incluido B.1, que es el ancestro de las principales variantes globales de preocupación, etiquetadas en 2021 por la OMS como variantes alfa , beta , gamma , delta y ómicron . [8] [9] [10]
Al principio de la pandemia, el número relativamente bajo de infecciones (en comparación con las etapas posteriores de la pandemia) dio lugar a menos oportunidades de mutación del genoma viral y, por lo tanto, menos oportunidades de aparición de variantes diferenciadas. [11] Dado que la aparición de variantes era más rara, la observación de mutaciones de la proteína S en la región del dominio de unión al receptor (RBD) que interactúa con ACE2 tampoco fue frecuente. [12]
Con el paso del tiempo, la evolución del genoma del SARS-CoV-2 (mediante mutaciones aleatorias) dio lugar a la selección natural de ejemplares mutantes del virus (es decir, variantes genéticas), que se observó que eran más transmisibles. Cabe destacar que se observó que tanto la variante Alfa como la Delta eran más transmisibles que las cepas virales identificadas previamente. [13]
Algunas variantes del SARS-CoV-2 se consideran preocupantes porque mantienen (o incluso aumentan) su capacidad de replicación ante el aumento de la inmunidad de la población, [14] ya sea por recuperación de la infección o por vacunación. Algunas de las variantes preocupantes muestran mutaciones en el RBD de la proteína S. [15]
Definiciones
El término variante de preocupación ( VOC ) para el SARS-CoV-2 , que causa la COVID-19 , es una categoría utilizada para las variantes del virus en las que las mutaciones en su dominio de unión al receptor de la proteína de pico (RBD) aumentan sustancialmente la afinidad de unión (por ejemplo, N501Y) en el complejo RBD-hACE2 (datos genéticos), al mismo tiempo que se vinculan a una rápida propagación en poblaciones humanas (datos epidemiológicos). [16]
Antes de ser asignada a esta categoría, una variante emergente puede haber sido etiquetada como una variante de interés ( VOI ), [17] o en algunos países como una variante bajo investigación ( VUI ). [18] Durante o después de una evaluación más completa como una variante de preocupación, la variante generalmente se asigna a un linaje en el sistema de nomenclatura Pango [19] y a clados en los sistemas Nextstrain [20] y GISAID [21] .
Históricamente, la OMS ha publicado periódicamente actualizaciones sobre las variantes preocupantes (VOC), que son variantes con una mayor tasa de transmisión, virulencia o resistencia a las medidas de mitigación, como las vacunas. Las presentaciones de variantes de los estados miembros se envían luego a GISAID , seguidas de investigaciones de campo de la variante. [22] Las definiciones actualizadas, publicadas el 4 de octubre de 2023, añaden las variantes de interés (VOI) y las variantes bajo vigilancia (VUM) a las definiciones de trabajo de la Organización Mundial de la Salud para las variantes del SARS-CoV-2. [23] [24] Otras organizaciones, como los CDC de los Estados Unidos, suelen definir sus variantes preocupantes de forma ligeramente diferente; por ejemplo, los CDC redujeron la incidencia de la variante Delta el 14 de abril de 2022, [25] mientras que la OMS lo hizo el 7 de junio de 2022.
Micrografía electrónica de transmisión en falso color de una variante del coronavirus B.1.1.7. Se cree que la mayor transmisibilidad de la variante se debe a cambios en la estructura de las proteínas de la espícula, que se muestran aquí en verde.
A partir del 15 de marzo de 2023 [update], [26] la OMS define una VOI como una variante "con cambios genéticos que se prevé o se sabe que afectan a las características del virus, como la transmisibilidad, la virulencia, la evasión de anticuerpos, la susceptibilidad a las terapias y la detectabilidad" y que circula más que otras variantes en más de una región de la OMS hasta tal punto que se puede sugerir un riesgo mundial para la salud pública. [27] Además, la actualización indicó que "se hará referencia a las VOI utilizando sistemas de nomenclatura científica establecidos, como los utilizados por Nextstrain y Pango". [27]
Criterios de notabilidad
Los virus suelen adquirir mutaciones con el tiempo, lo que da lugar a nuevas variantes. Cuando una nueva variante parece estar creciendo en una población, se la puede etiquetar como una "variante emergente". En el caso del SARS-CoV-2, los nuevos linajes a menudo difieren entre sí en apenas unos pocos nucleótidos. [14]
Algunas de las posibles consecuencias de la aparición de variantes son las siguientes: [28] [29]
Capacidad de evadir la detección mediante pruebas diagnósticas
Disminución de la susceptibilidad a los medicamentos antivirales (siempre que dichos medicamentos estén disponibles)
Disminución de la susceptibilidad a los anticuerpos neutralizantes, ya sean terapéuticos (por ejemplo, plasma convaleciente o anticuerpos monoclonales) o en experimentos de laboratorio.
Capacidad de evadir la inmunidad natural (por ejemplo, provocando reinfecciones)
Capacidad de infectar a personas vacunadas
Mayor riesgo de padecer determinadas enfermedades, como el síndrome inflamatorio multisistémico o la COVID prolongada .
Mayor afinidad por grupos demográficos o clínicos particulares, como niños o individuos inmunodeprimidos.
Las variantes que parecen cumplir uno o más de estos criterios pueden ser etiquetadas como "variantes bajo investigación" o "variantes de interés" en espera de la verificación y validación de estas propiedades. La característica principal de una variante de interés es que muestra evidencia que demuestra que es la causa de una mayor proporción de casos o de brotes únicos; sin embargo, también debe tener una prevalencia o expansión limitada a nivel nacional, o la clasificación se elevaría a " variante de preocupación ". [30] [31] Si hay evidencia clara de que la eficacia de las medidas de prevención o intervención para una variante en particular se reduce sustancialmente, esa variante se denomina "variante de gran consecuencia". [25]
Nomenclatura
Diagrama de árbol de linajes del SARS-CoV-2 según el sistema de nomenclatura Pango.Varias variantes del SARS-CoV-2 que fueron reportadas oficialmente por los CDC y los NIH en mayo de 2021 en relación con las mutaciones L452R y E484K
Las variantes del SARS-CoV-2 se agrupan según su linaje y las mutaciones que las componen. [14] Muchas organizaciones, incluidos gobiernos y medios de comunicación, se refirieron coloquialmente a las variantes preocupantes por el país en el que se identificaron por primera vez. [42] [43] [44] Después de meses de discusiones, la Organización Mundial de la Salud anunció los nombres con letras griegas para las cepas importantes el 31 de mayo de 2021, [45] para que se pudiera hacer referencia a ellas fácilmente de una manera sencilla, fácil de decir y no estigmatizante. [46] [47] Esta decisión puede haberse tomado en parte debido a las críticas de los gobiernos sobre el uso de nombres de países para referirse a las variantes del virus; la OMS mencionó el potencial de mencionar nombres de países para causar estigma. [48] Después de usar todas las letras de Alpha a Mu (ver más abajo), en noviembre de 2021 la OMS omitió las siguientes dos letras del alfabeto griego, Nu y Xi, y usó Ómicron, lo que provocó la especulación de que se omitió Xi para evitar ofender al líder chino Xi Jinping . [49] La OMS dio como explicación que Nu se confunde demasiado fácilmente con "nuevo" y Xi es un apellido común . [49] En el caso de que la OMS utilice la totalidad del alfabeto griego, la agencia consideró nombrar futuras variantes en honor a constelaciones . [50]
Linajes y clados
Si bien existen miles de variantes del SARS-CoV-2, [51] los subtipos del virus se pueden agrupar en grupos más grandes, como linajes o clados . [b] Se han propuesto tres nomenclaturas principales, de uso generalizado [52] :
En enero de 2021 [update], GISAID —refiriéndose al SARS-CoV-2 como hCoV-19 [33] — había identificado ocho clados globales (S, O, L, V, G, GH, GR y GV). [53]
En 2017, Hadfield et al. anunciaron Nextstrain , destinado "al seguimiento en tiempo real de la evolución de los patógenos". [54] Nextstrain se ha utilizado posteriormente para el seguimiento del SARS-CoV-2, identificando 13 clados principales [c] (19A–B, 20A–20J y 21A) a junio de 2021. [update][ 55]
En 2020, Rambaut et al. del equipo de software Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN) [56] propusieron en un artículo [19] "una nomenclatura dinámica para los linajes del SARS-CoV-2 que se centra en los linajes de virus que circulan activamente y los que se propagan a nuevas ubicaciones"; [52] hasta agosto de 2021 [update], se habían designado 1340 linajes. [57] [58]
Cada instituto nacional de salud pública también puede instituir su propio sistema de nomenclatura con el fin de rastrear variantes específicas. Por ejemplo, Public Health England designó cada variante rastreada por año, mes y número en el formato [AAAA] [MM]/[NN], anteponiendo "VUI" o "VOC" para una variante bajo investigación o una variante preocupante respectivamente. [30] Este sistema ahora se ha modificado y ahora utiliza el formato [AA] [MMM]-[NN], donde el mes se escribe utilizando un código de tres letras. [30]
Secuencia de referencia
Como actualmente no se sabe cuándo ocurrió el caso índice o "paciente cero", la elección de la secuencia de referencia para un estudio determinado es relativamente arbitraria, y las opciones de diferentes estudios de investigación notables varían de la siguiente manera:
La secuencia más antigua, Wuhan-1 , se recopiló el 24 de diciembre de 2019. [59]
Un grupo (Sudhir Kumar et al.) [59] hace referencia extensa a un genoma de referencia NCBI (GenBankID:NC_045512; GISAID ID: EPI_ISL_402125), [60] esta muestra se recolectó el 26 de diciembre de 2019, [61] aunque también utilizaron el genoma de referencia WIV04 GISAID (ID: EPI_ISL_402124), [62] en sus análisis. [63]
Los investigadores consideran que la variante muestreada e identificada por primera vez en Wuhan, China, difiere del genoma progenitor en tres mutaciones. [59] [65] Posteriormente, han evolucionado muchos linajes distintos del SARS-CoV-2. [57]
Panorama de variantes históricas preocupantes o bajo seguimiento
La siguiente tabla presenta información y el nivel de riesgo relativo [66] para las variantes de preocupación (VOC) que circulan actualmente y anteriormente. [d] Los intervalos suponen un nivel de confianza o credibilidad del 95 % , a menos que se indique lo contrario. Actualmente, todas las estimaciones son aproximaciones debido a la disponibilidad limitada de datos para los estudios. Para Alfa, Beta, Gamma y Delta, no hay cambios en la precisión de la prueba , [67] [72] y algunos anticuerpos monoclonales conservan la actividad de anticuerpos neutralizantes . [25] [73] Las pruebas de PCR continúan detectando la variante Ómicron. [74]
Variantes que circulaban anteriormente y que se vigilaban anteriormente (OMS)
La OMS define una variante previamente circulante como una variante que "ha demostrado que ya no representa un riesgo añadido importante para la salud pública mundial en comparación con otras variantes circulantes del SARS-CoV-2", pero que aún debe ser vigilada. [93]
El 15 de marzo de 2023, la OMS publicó una actualización sobre el sistema de seguimiento de COV y anunció que solo a los COV se les asignarán letras griegas. [26]
Variantes preocupantes que circulaban anteriormente
Las variantes que se enumeran a continuación se habían designado anteriormente como variantes preocupantes, pero fueron desplazadas por otras variantes. A partir de mayo de 2022 [update], la OMS incluye las siguientes variantes en la lista de "variantes preocupantes que circulaban anteriormente": [93]
Alfa (linaje B.1.1.7)
Detectada por primera vez en octubre de 2020 durante la pandemia de COVID-19 en el Reino Unido a partir de una muestra tomada el mes anterior en Kent, [94] linaje B.1.1.7, [95] denominada variante Alfa por la OMS, se conocía anteriormente como la primera variante bajo investigación en diciembre de 2020 (VUI – 202012/01) [96] y posteriormente se anotó como VOC-202012/01. [30] También se conoce como 20I (V1), [75] 20I/501Y.V1 [97] (anteriormente 20B/501Y.V1), [28] [98] [99] o 501Y.V1. [100] De octubre a diciembre de 2020, su prevalencia se duplicó cada 6,5 días, el presunto intervalo generacional. [101] [102] Se correlaciona con un aumento significativo en la tasa de infección por COVID-19 en el Reino Unido , asociado en parte con la mutación N501Y. [101] Hubo alguna evidencia de que esta variante tenía un 40-80% más de transmisibilidad (la mayoría de las estimaciones se encontraban en el extremo medio a superior de este rango), [103] [104] y los primeros análisis sugirieron un aumento en la letalidad, [105] [106] aunque trabajos posteriores no encontraron evidencia de un aumento de la virulencia. [107] Hasta mayo de 2021, la variante Alpha se había detectado en unos 120 países. [108]
El 16 de marzo de 2022, la OMS redujo la clasificación de la variante Alfa y sus subvariantes a "variantes preocupantes que circulaban anteriormente". [109] [110]
B.1.1.7 con E484K
La variante preocupante 21FEB-02 (anteriormente escrita como VOC -202102/02), descrita por Public Health England (PHE) como "B.1.1.7 con E484K" [30] es del mismo linaje en el sistema de nomenclatura Pango, pero tiene una mutación E484K adicional. Al 17 de marzo de 2021, había 39 casos confirmados de VOC -21FEB-02 en el Reino Unido. [30] El 4 de marzo de 2021, los científicos informaron sobre la presencia de B.1.1.7 con mutaciones E484K en el estado de Oregón . En 13 muestras de prueba analizadas, una tenía esta combinación, que parecía haber surgido de forma espontánea y local, en lugar de ser importada. [111] [112] [113] Otros nombres para esta variante incluyen B.1.1.7+E484K [114] y B.1.1.7 Linaje con S:E484K. [115]
Beta (linaje B.1.351)
El 18 de diciembre de 2020, la variante 501.V2 , también conocida como 501.V2, 20H (V2), [75] 20H/501Y.V2 [97] (anteriormente 20C/501Y.V2), 501Y.V2, [116] VOC-20DEC-02 (anteriormente VOC -202012/02), o linaje B.1.351, [28] se detectó por primera vez en Sudáfrica y fue notificada por el departamento de salud del país . [117] La OMS la ha etiquetado como variante Beta. Los investigadores y funcionarios informaron que la prevalencia de la variante era mayor entre los jóvenes sin condiciones de salud subyacentes y, en comparación con otras variantes, resulta con mayor frecuencia en enfermedades graves en esos casos. [118] [119] El departamento de salud de Sudáfrica también indicó que la variante puede estar impulsando la segunda ola de la epidemia de COVID-19 en el país debido a que se está propagando a un ritmo más rápido que otras variantes anteriores del virus. [117] [118]
Los científicos observaron que la variante contiene varias mutaciones que le permiten unirse más fácilmente a las células humanas debido a las siguientes tres mutaciones en el dominio de unión al receptor (RBD) en la glicoproteína de la espícula del virus: N501Y, [117] [120] K417N y E484K. [121] [122] La mutación N501Y también se ha detectado en el Reino Unido. [117] [123]
El 16 de marzo de 2022, la OMS redujo la clasificación de la variante Beta y sus subvariantes a "variantes preocupantes que circulaban anteriormente". [109] [110]
Gamma (linaje P.1)
La variante Gamma o linaje P.1, denominada Variante de Preocupación 21JAN-02 [30] (anteriormente VOC-202101/02) por Public Health England, [30] 20J (V3) [75] o 20J/501Y.V3 [97] por Nextstrain , o simplemente 501Y.V3, [100] fue detectada en Tokio el 6 de enero de 2021 por el Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (NIID). La OMS la ha etiquetado como variante Gamma. La nueva variante se identificó por primera vez en cuatro personas que llegaron a Tokio tras haber viajado desde el estado brasileño de Amazonas el 2 de enero de 2021. [124] El 12 de enero de 2021, el Centro CADDE Brasil-Reino Unido confirmó 13 casos locales de la nueva variante Gamma en la selva amazónica. [125] Esta variante del SARS-CoV-2 ha sido denominada linaje P.1 (aunque es descendiente de B.1.1.28, el nombre B.1.1.28.1 [67] [126] no está permitido y, por lo tanto, el nombre resultante es P.1), y tiene 17 cambios únicos de aminoácidos, 10 de los cuales en su proteína de pico, incluidas las tres mutaciones preocupantes: N501Y, E484K y K417T. [125] [126] [127] [128] : Figura 5
Las mutaciones N501Y y E484K favorecen la formación de un complejo RBD-hACE2 estable, mejorando así la afinidad de unión de RBD a hACE2. Sin embargo, la mutación K417T desfavorece la formación de complejos entre RBD y hACE2, lo que se ha demostrado que reduce la afinidad de unión. [1]
La nueva variante no se detectó en las muestras recogidas de marzo a noviembre de 2020 en Manaus , estado de Amazonas, pero se detectó en la misma ciudad en el 42% de las muestras del 15 al 23 de diciembre de 2020, seguida del 52,2% del 15 al 31 de diciembre y del 85,4% del 1 al 9 de enero de 2021. [125] Un estudio encontró que las infecciones por Gamma pueden producir casi diez veces más carga viral en comparación con las personas infectadas por uno de los otros linajes identificados en Brasil (B.1.1.28 o B.1.195). Gamma también mostró una transmisibilidad 2,2 veces mayor con la misma capacidad de infectar tanto a adultos como a personas mayores, lo que sugiere que los linajes P.1 y similares a P.1 tienen más éxito en infectar a humanos más jóvenes independientemente del sexo. [129]
Un estudio de muestras recogidas en Manaus entre noviembre de 2020 y enero de 2021 indicó que la variante Gamma es entre 1,4 y 2,2 veces más transmisible y demostró ser capaz de evadir entre el 25 y el 61% de la inmunidad heredada de enfermedades anteriores por coronavirus, lo que lleva a la posibilidad de reinfección después de la recuperación de una infección anterior por COVID-19. En cuanto a la tasa de letalidad, las infecciones por Gamma también resultaron ser entre un 10 y un 80% más letales. [130] [131] [132]
Un estudio encontró que las personas completamente vacunadas con Pfizer o Moderna tienen un efecto neutralizante significativamente menor contra Gamma, aunque el impacto real en el curso de la enfermedad es incierto. Un estudio de preimpresión de la Fundación Oswaldo Cruz publicado a principios de abril encontró que el desempeño en el mundo real de las personas con la dosis inicial de la vacuna Coronavac de Sinovac tuvo una tasa de eficacia de aproximadamente el 50%. Esperaban que la eficacia fuera mayor después de la segunda dosis. A julio de 2021, el estudio está en curso. [133]
Los datos preliminares de dos estudios indican que la vacuna Oxford-AstraZeneca es eficaz contra la variante Gamma, aunque aún no se ha publicado el nivel exacto de eficacia. [134] [135] Los datos preliminares de un estudio realizado por el Instituto Butantan sugieren que CoronaVac también es eficaz contra la variante Gamma, y a julio de 2021 aún no se ha ampliado para obtener datos definitivos. [136]
El 16 de marzo de 2022, la OMS redujo la clasificación de la variante Gamma y sus subvariantes a "variantes preocupantes que circulaban anteriormente". [109] [110]
Delta (linaje B.1.617.2)
La variante Delta, también conocida como B.1.617.2, G/452R.V3, 21A [75] o 21A/S:478K, [97] fue una variante dominante a nivel mundial que se extendió a al menos 185 países. [137] Se descubrió por primera vez en la India . Descendiente del linaje B.1.617, que también incluye la variante Kappa bajo investigación, se descubrió por primera vez en octubre de 2020 y desde entonces se ha extendido internacionalmente. [138] [139] [140] [141] [142] El 6 de mayo de 2021, científicos británicos declararon a B.1.617.2 (que notablemente carece de la mutación en E484Q) como una "variante preocupante", etiquetándola como VOC-21APR-02, después de señalar evidencia de que se propaga más rápidamente que la versión original del virus y podría propagarse más rápido o tan rápido como Alpha. [143] [68] [144] [145] Lleva mutaciones L452R y P681R en Spike; [36] a diferencia de Kappa lleva T478K pero no E484Q.
El 3 de junio de 2021, Public Health England informó que doce de las 42 muertes por la variante Delta en Inglaterra se produjeron entre personas completamente vacunadas, y que se estaba propagando casi dos veces más rápido que la variante Alpha. [146] También el 11 de junio, Foothills Medical Centre en Calgary, Canadá, informó que la mitad de sus 22 casos de la variante Delta se produjeron entre personas completamente vacunadas. [147]
En junio de 2021, comenzaron a aparecer informes de una variante de Delta con la mutación K417N. [148] La mutación, también presente en las variantes Beta y Gamma, generó inquietud sobre la posibilidad de una menor efectividad de las vacunas y los tratamientos con anticuerpos y un mayor riesgo de reinfección. [149] La variante, llamada "Delta con K417N" por Public Health England, incluye dos clados correspondientes a los linajes Pango AY.1 y AY.2. [150] Se le ha apodado "Delta plus" [151] de "Delta plus K417N". [152] El nombre de la mutación, K417N, se refiere a un intercambio por el cual la lisina (K) es reemplazada por asparagina (N) en la posición 417. [153] El 22 de junio, el Ministerio de Salud y Bienestar Familiar de la India declaró la variante "Delta plus" de COVID-19 como una variante preocupante, después de que se notificaran 22 casos de la variante en la India. [154] Después del anuncio, los principales virólogos dijeron que no había datos suficientes para respaldar el etiquetado de la variante como una variante preocupante distinta, señalando el pequeño número de pacientes estudiados. [155] En el Reino Unido, en julio de 2021, se identificó AY.4.2. Junto con las mencionadas anteriormente, también recibió el apodo de "Delta Plus", debido a sus mutaciones adicionales, Y145H y A222V. Estas no son exclusivas de ella, pero la distinguen de la variante Delta original. [156]
El 7 de junio de 2022, la OMS ha reducido la clasificación de la variante Delta y sus subvariantes a "variantes preocupantes que circulaban anteriormente". [110] [157]
Variantes de interés que circulaban previamente (VOI)
Epsilon (linajes B.1.429, B.1.427, CAL.20C)
La variante o linaje Epsilon B.1.429, también conocida como CAL.20C [158] o CA VUI1, [159] 21C [75] o 20C/S:452R, [97] se define por cinco mutaciones distintas (I4205V y D1183Y en el gen ORF1ab , y S13I, W152C, L452R en el gen S de la proteína Spike), de las cuales la L452R (previamente también detectada en otros linajes no relacionados) fue de particular preocupación. [38] [160] Del 17 de marzo al 29 de junio de 2021, los CDC incluyeron a B.1.429 y al B.1.427 relacionado como "variantes de preocupación". [36] [161] [162] [163] A partir de julio de 2021, Epsilon ya no se considera una variante de interés para la OMS, [24] ya que fue superada por Alpha. [164]
Entre septiembre de 2020 y enero de 2021, fue entre un 19% y un 24% más transmisible que las variantes anteriores en California. La neutralización contra ella por anticuerpos de infecciones naturales y vacunas se redujo moderadamente, [165] pero siguió siendo detectable en la mayoría de las pruebas de diagnóstico. [166]
Epsilon (CAL.20C) fue observado por primera vez en julio de 2020 por investigadores del Centro Médico Cedars-Sinai , California , en una de las 1.230 muestras de virus recogidas en el condado de Los Ángeles desde el inicio de la epidemia de COVID-19 . [167] No se volvió a detectar hasta septiembre, cuando reapareció entre las muestras de California, pero las cifras se mantuvieron muy bajas hasta noviembre. [168] [169] En noviembre de 2020, la variante Epsilon representaba el 36 por ciento de las muestras recogidas en el Centro Médico Cedars-Sinai, y en enero de 2021, la variante Epsilon representaba el 50 por ciento de las muestras. [160] En un comunicado de prensa conjunto de la Universidad de California, San Francisco , el Departamento de Salud Pública de California y el Departamento de Salud Pública del Condado de Santa Clara , [170] la variante también se detectó en varios condados del norte de California. De noviembre a diciembre de 2020, la frecuencia de la variante en los casos secuenciados del norte de California aumentó del 3% al 25%. [171] En una preimpresión, se describe que CAL.20C pertenece al clado 20C y contribuye aproximadamente con el 36% de las muestras, mientras que una variante emergente del clado 20G representa alrededor del 24% de las muestras en un estudio centrado en el sur de California. Sin embargo, tenga en cuenta que en los EE. UU. en su conjunto, el clado 20G predomina, a partir de enero de 2021. [38] Tras el aumento de la cantidad de Epsilon en California, la variante se ha detectado con frecuencias variables en la mayoría de los estados de EE. UU. Se han detectado pequeñas cantidades en otros países de América del Norte y en Europa, Asia y Australia. [168] [169] Después de un aumento inicial, su frecuencia disminuyó rápidamente a partir de febrero de 2021, ya que estaba siendo superada por la más transmisible Alpha . En abril, Epsilon seguía siendo relativamente frecuente en algunas partes del norte de California, pero prácticamente había desaparecido del sur del estado y nunca había podido establecerse en otro lugar; solo el 3,2% de todos los casos en los Estados Unidos eran Epsilon, mientras que más de dos tercios eran Alpha. [164]
Zeta (linaje P.2)
Según el esquema de denominación simplificado propuesto por la Organización Mundial de la Salud , la P.2 fue etiquetada como "variante Zeta" y se consideró una variante de interés (VOI), pero no una variante de preocupación . [172] Una segunda ola fue precedida en noviembre de 2020 por un aumento en la prevalencia de la variante Zeta entre las secuencias genéticas del estado de São Paulo, depositadas en la base de datos GISAID . [173] A partir de julio de 2021, la OMS ya no considera a Zeta una variante de interés. [174]
Eta (linaje B.1.525)
La variante Eta o linaje B.1.525, también llamada VUI -21FEB-03 [30] (anteriormente VUI-202102/03) por Public Health England (PHE) y anteriormente conocida como UK1188, [30] 21D [75] o 20A/S:484K, [97] no tiene la misma mutación N501Y que se encuentra en Alpha , Beta y Gamma , pero tiene la misma mutación E484K que se encuentra en las variantes Gamma, Zeta y Beta, y también tiene la misma deleción ΔH69/ΔV70 (una deleción de los aminoácidos histidina y valina en las posiciones 69 y 70) que se encuentra en Alpha, la variante N439K (B.1.141 y B.1.258) y la variante Y453F ( grupo 5 ). [175] Eta se diferencia de todas las demás variantes por tener tanto la mutación E484K como una nueva mutación F888L (una sustitución de fenilalanina (F) por leucina (L) en el dominio S2 de la proteína de la espiga). Hasta el 5 de marzo de 2021, se había detectado en 23 países. [176] [177] [178] También se ha notificado en Mayotte , el departamento/región de ultramar de Francia. [176] Los primeros casos se detectaron en diciembre de 2020 en el Reino Unido y Nigeria, y hasta el 15 de febrero de 2021, se había producido con la mayor frecuencia entre las muestras de este último país. [178] Hasta el 24 de febrero se encontraron 56 casos en el Reino Unido. [30] Dinamarca, que secuencia todos sus casos de COVID-19, encontró 113 casos de esta variante del 14 de enero al 21 de febrero de 2021, de los cuales siete estaban directamente relacionados con viajes al extranjero a Nigeria. [177]
A partir de julio de 2021, los expertos del Reino Unido la están estudiando para determinar el grado de riesgo que podría representar. Actualmente se considera una "variante en investigación", pero a la espera de más estudios, puede convertirse en una " variante preocupante ". Ravi Gupta , de la Universidad de Cambridge, dijo en una entrevista con la BBC que el linaje B.1.525 parecía tener "mutaciones significativas" ya observadas en algunas de las otras variantes más nuevas, lo que significa que su efecto probable es hasta cierto punto más predecible. [179]
Theta (linaje P.3)
El 18 de febrero de 2021, el Departamento de Salud de Filipinas confirmó la detección de dos mutaciones de COVID-19 en Visayas Centrales después de que se enviaran muestras de pacientes para que se les realizara una secuenciación genómica. Las mutaciones se denominaron posteriormente E484K y N501Y, y se detectaron en 37 de las 50 muestras, y ambas mutaciones coexistían en 29 de ellas. [180]
El 13 de marzo, el Departamento de Salud confirmó que las mutaciones constituyen una variante que se designó como linaje P.3. [181] El mismo día, también confirmó el primer caso de COVID-19 causado por la variante Gamma en el país. Filipinas tuvo 98 casos de la variante Theta el 13 de marzo. [182] El 12 de marzo se anunció que Theta también se había detectado en Japón. [183] [184] El 17 de marzo, el Reino Unido confirmó sus primeros dos casos, [185] donde PHE lo denominó VUI-21MAR-02. [30]
El 30 de abril de 2021, Malasia detectó 8 casos de la variante Theta en Sarawak. [186]
A partir de julio de 2021, la OMS ya no considera a Theta como una variante de interés. [24]
Iota (linaje B.1.526)
La variante Iota , [187] también conocida como linaje B.1.526, es una de las variantes del SARS-CoV-2 , el virus que causa la COVID-19 . Se detectó por primera vez en la ciudad de Nueva York en noviembre de 2020. La variante ha aparecido con dos mutaciones notables: la mutación de la espícula E484K, que puede ayudar al virus a evadir los anticuerpos, y la mutación S477N, que ayuda al virus a unirse más firmemente a las células humanas. [188]
La proporción de casos en EE. UU. representados por la variante Iota había disminuido drásticamente a fines de julio de 2021, cuando la variante Delta se volvió dominante. [189]
Kappa (linaje B.1.617.1)
La variante Kappa [190] es una variante del SARS-CoV-2 , el virus que causa la COVID-19 . Es uno de los tres sublinajes del linaje B.1.617 de Pango . La variante Kappa del SARS-CoV-2 también se conoce como linaje B.1.617.1 y se detectó por primera vez en la India en diciembre de 2020. [191] A fines de marzo de 2021, la subvariante Kappa representaba más de la mitad de las secuencias enviadas desde la India. [192] El 1 de abril de 2021, Public Health England la designó como variante bajo investigación (VUI-21APR-01). [193]
Lambda (linaje C.37)
La variante Lambda , también conocida como linaje C.37, es una variante del SARS-CoV-2 , el virus que causa la COVID-19 . [194] Se detectó por primera vez en Perú en agosto de 2020. [195] El 14 de junio de 2021, la Organización Mundial de la Salud (OMS) la denominó variante Lambda [194] y la designó como variante de interés . [196] El 16 de marzo de 2022, la OMS redujo la clasificación de la variante Lambda a "variantes de preocupación que circulaban anteriormente". [197] [198]
Mu (linaje B.1.621)
La variante Mu , también conocida como linaje B.1.621 o VUI-21JUL-1, es una de las variantes del SARS-CoV-2, el virus que causa la COVID-19 . Se detectó por primera vez en Colombia en enero de 2021 y fue designada por la OMS como variante de interés el 30 de agosto de 2021. [199] El 16 de marzo de 2022, la OMS redujo la clasificación de la variante Mu y sus subvariantes a "variantes de preocupación que circulaban anteriormente". [200] [201]
Variantes anteriormente vigiladas (OMS)
Las variantes que se enumeran a continuación alguna vez estuvieron incluidas en la lista de variantes bajo vigilancia, pero fueron reclasificadas debido a que ya no circulan en un nivel significativo, no han tenido un impacto significativo en la situación o hay evidencia científica de que la variante no tiene propiedades preocupantes. [93]
Ómicron
Linaje B.1.1.529
La variante Ómicron, conocida como linaje B.1.1.529, fue declarada variante preocupante por la Organización Mundial de la Salud el 26 de noviembre de 2021. [202]
La variante tiene una gran cantidad de mutaciones , algunas de las cuales son preocupantes. Algunas evidencias muestran que esta variante tiene un mayor riesgo de reinfección . Se están realizando estudios para evaluar el impacto exacto en la transmisibilidad, la mortalidad y otros factores. [203]
La OMS lo denominó Ómicron , [202] [204] y se identificó en noviembre de 2021 en Botsuana y Sudáfrica ; [205] un caso había viajado a Hong Kong , [206] [93] [207] se identificó un caso confirmado en Israel en un viajero que regresaba de Malawi , [208] junto con dos que regresaron de Sudáfrica y uno de Madagascar. [209] Bélgica confirmó el primer caso detectado en Europa el 26 de noviembre de 2021 en un individuo que había regresado de Egipto el 11 de noviembre. [210] El Consorcio Indio de Genómica del SARS-CoV-2 (INSACOG) en su boletín de enero de 2022 señaló que Ómicron se transmite en la comunidad en la India, donde los nuevos casos han aumentado exponencialmente. [211]
BA. sublinajes
Según la OMS, BA.1, BA.1.1 y BA.2 fueron los sublinajes más comunes de Ómicron a nivel mundial en febrero de 2022. [update][ 212] BA.2 contiene 28 cambios genéticos únicos, incluidos cuatro en su proteína de pico, en comparación con BA.1, que ya había adquirido 60 mutaciones desde la cepa ancestral de Wuhan, incluidas 32 en la proteína de pico. [213] BA.2 es más transmisible que BA.1. [214] Estaba causando la mayoría de los casos en Inglaterra a mediados de marzo de 2022 y, a fines de marzo, BA.2 se volvió dominante en los EE. UU. [215] [213] A partir de mayo de 2022 [update], los sublinajes BA.1 a BA.5, incluidos todos sus descendientes, están clasificados como variantes preocupantes por la OMS, [93] los CDC, [25] y el ECDC [216] (este último excluyendo BA.3).
Sublinajes XBB
Durante 2022, surgieron varias cepas nuevas en diferentes localidades, incluida la XBB.1.5, que evolucionó a partir de la cepa XBB de Omicron. El primer caso relacionado con XBB en Inglaterra se detectó a partir de una muestra de muestra tomada el 10 de septiembre de 2022 y desde entonces se han identificado más casos en la mayoría de las regiones inglesas. A finales de año, la XBB.1.5 representaba el 40,5% de los casos nuevos en los EE. UU. y era la cepa dominante; la variante preocupante BQ.1 representaba el 18,3% y la BQ.1.1 representaba el 26,9% de los casos nuevos, mientras que la cepa BA.5 estaba en declive, con un 3,7%. En esta etapa, era poco común en muchos otros países; por ejemplo, en el Reino Unido representaba alrededor del 7% de los casos nuevos, según los datos de secuenciación de UKHSA. [217]
El 22 de diciembre de 2022, el Centro Europeo para el Control de Enfermedades escribió en un resumen que las cepas XBB representaban alrededor del 6,5 % de los casos nuevos en cinco países de la UE con un volumen suficiente de secuenciación o genotipificación para proporcionar estimaciones. [217]
EG.5, una subvariante de XBB.1.9.2, (apodado "Eris" por algunos medios [218] ) surgió en febrero de 2023. [219] El 6 de agosto de 2023, la Agencia de Seguridad Sanitaria del Reino Unido informó que la cepa EG.5 fue responsable de uno de cada siete casos nuevos en el Reino Unido durante la tercera semana de julio. [220]
Linaje BA.2.86
Durante 2023, el SARS-CoV-2 siguió circulando en la población mundial y evolucionando, con una serie de nuevas subvariantes. Las tasas de pruebas, secuenciación y notificación se redujeron. [221]
La variante BA.2.86 se detectó por primera vez en una muestra del 24 de julio de 2023 y la Organización Mundial de la Salud la designó como variante bajo vigilancia el 17 de agosto de 2023. [222]
La variante JN.1 (a veces denominada "Pirola"), una subvariante de la BA.2.86, surgió en agosto de 2023 en Luxemburgo. Para diciembre de 2023, se había detectado en 12 países, incluidos el Reino Unido y los EE. UU. [223] [224] El 19 de diciembre, la OMS declaró que la variante JN.1 era una variante de interés independientemente de su cepa original, BA.2.86, pero se determinó que el riesgo general para la salud pública era bajo. [225] Dado que la variante JN.1 representaba alrededor del 60 % de los casos en Singapur, en diciembre de 2023, Singapur e Indonesia recomendaron el uso de mascarillas en los aeropuertos. [226] Los CDC estimaron que la variante representaba el 44 % de los casos en los EE. UU. el 22 de diciembre de 2023 y el 62 % de los casos el 5 de enero de 2024. [227]
Al 9 de febrero de 2024 [update], la OMS estimó que la JN.1 era la variante más prevalente del SARS-CoV-2 (prevalencia del 70-90 % en cuatro de las seis regiones mundiales; datos insuficientes en las regiones del Mediterráneo oriental y África). Se esperaba que el nivel general de inmunidad de la población y la inmunidad de las versiones de refuerzo XBB.1.5 de la vacuna contra la COVID-19 brindaran cierta protección (reactividad cruzada) a la JN.1. [228]
Sublinajes por año
2024
A finales de abril de 2024, los datos de los CDC mostraron que la KP.2 era la variante más común en EE. UU., con una cuarta parte de todos los casos, justo por delante de la JN.1. La KP1.1 representaba el 7 por ciento de los casos en EE. UU. [229] A estas dos a veces se las denomina variantes "FLiRT" porque se caracterizan por una mutación de fenilalanina (F) a leucina (L) y una mutación de arginina (R) a treonina (T) en la proteína de la espiga del virus. [230] En julio de 2024, un descendiente de la KP.2 con un cambio de aminoácido adicional en la proteína de la espiga, Q493E, recibió los nombres de KP.3 e, informalmente, "FLuQE", y se convirtió en una variante importante en Nueva Gales del Sur durante el invierno australiano. Las investigaciones iniciales sugirieron que el cambio de Q493E podría ayudar a que la KP.3 fuera más eficaz para unirse a las células humanas que la KP.2. [231]
Se espera que a partir de septiembre de 2024, la XEC, detectada por primera vez en Alemania, sea la próxima variante importante. La XEC es una recombinación de dos subvariantes: KS.1.1 y KP.3.3. Solo se han detectado unos pocos casos en los Estados Unidos [232] , pero se informa que tiene una ligera ventaja sobre otras variantes en términos de transmisibilidad [233] .
Variantes ómicron bajo vigilancia (OMS, 2022/2023)
El 25 de mayo de 2022, la Organización Mundial de la Salud introdujo una nueva categoría para los sublinajes potencialmente preocupantes de variantes generalizadas de interés, inicialmente denominadas linajes VOC bajo seguimiento (VOC-LUM). Esta decisión se tomó para reflejar que en febrero de 2022, más del 98 % de todas las muestras secuenciadas por GISAID pertenecían a la familia ómicron, dentro de la cual tuvo lugar gran parte de la evolución de las variantes. [234] Para el 9 de febrero de 2023, la categoría había cambiado de nombre a "variantes ómicron bajo seguimiento". [235]
Otras variantes notables
El linaje B.1.1.207 se secuenció por primera vez en agosto de 2020 en Nigeria; [237] Las implicaciones para la transmisión y la virulencia no están claras, pero los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades de EE. UU. lo han incluido como una variante emergente . [28] Secuenciada por el Centro Africano de Excelencia para la Genómica de Enfermedades Infecciosas en Nigeria, esta variante tiene una mutación P681H, compartida en común con la variante Alpha . No comparte otras mutaciones con la variante Alpha y, a fines de diciembre de 2020, esta variante representa alrededor del 1% de los genomas virales secuenciados en Nigeria, aunque este porcentaje puede aumentar. [237] A mayo de 2021, el linaje B.1.1.207 se ha detectado en 10 países. [238]
El linaje B.1.1.317, si bien no se considera una variante preocupante , es digno de mención porque Queensland Health obligó a dos personas que estaban en cuarentena en un hotel de Brisbane , Australia, a someterse a una cuarentena adicional de 5 días además de los 14 días obligatorios después de que se confirmó que estaban infectadas con esta variante. [239]
Se informó que el linaje B.1.616, identificado en Bretaña , oeste de Francia, a principios de enero de 2021 y designado por la OMS como "variante bajo investigación" en marzo de 2021, era difícil de detectar a partir del método de muestreo de hisopado nasofaríngeo para la detección del coronavirus, y la detección del virus debe basarse en muestras del tracto respiratorio inferior. [ cita requerida ]
El linaje B.1.618 se aisló por primera vez en octubre de 2020. Tiene la mutación E484K en común con varias otras variantes y mostró una propagación significativa en abril de 2021 en Bengala Occidental , India. [240] [241] Al 23 de abril de 2021, la base de datos PANGOLIN mostró 135 secuencias detectadas en India, con números de una sola cifra en cada uno de los otros ocho países del mundo. [242]
El linaje B.1.640.2 (también conocido como variante IHU [245] ) fue detectado en octubre de 2021 por investigadores del Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) en Marsella. [246] Encontraron la variante en un viajero que regresó a Francia desde Camerún y, según se informa, infectó a 12 personas. [247] [248] El linaje B.1.640, que incluye B.1.640.2, fue designado como variante bajo seguimiento (VUM) por la Organización Mundial de la Salud (OMS) el 22 de noviembre de 2021. [249] Sin embargo, la OMS ha informado de que el linaje B.1.640.2 se ha propagado mucho más lentamente que la variante ómicron , por lo que es relativamente poco preocupante. [248] [250] Según un estudio preimpreso, el linaje B.1.640.2 tiene dos mutaciones de proteína de pico ya conocidas : E484K y N501Y, entre un total de 46 sustituciones de nucleótidos y 37 deleciones. [247] [251] [252]
En marzo de 2022, los investigadores informaron sobre virus recombinantes de la variante del SARS-CoV-2 que contienen elementos de Delta y Omicron : Deltacron (también llamado "Deltamicron"). [253] [254] [255] [256] [257] La recombinación ocurre cuando un virus combina partes de un virus relacionado con su secuencia genética a medida que ensambla copias de sí mismo. No está claro si Deltacron, que no debe confundirse con "Deltacron", informado en enero, aunque la primera detección también fue en enero [257] [258] , podrá competir con Omicron y si eso sería perjudicial para la salud. [259]
En julio de 2023, el profesor Lawrence Young, virólogo de la Universidad de Warwick, anunció una variante Delta súper mutada a partir de un hisopo de un caso indonesio con 113 mutaciones únicas, de las cuales 37 afectan a la proteína de pico. [260]
Variantes recombinantes
En 2022, el gobierno británico informó sobre una serie de variantes recombinantes del SARS-CoV-2. [261] A estos linajes recombinantes se les han dado los identificadores de linaje Pango XD, XE y XF. [262]
XE es un linaje recombinante de los linajes Pango BA.1 y BA.2. [263] En marzo de 2022, [update]se creía que XE tenía una tasa de crecimiento un 9,8 % mayor que BA.2. [261]
Teoría de la incubación para variantes mutadas múltiples
El nombre de la mutación, del 69-70, o 69-70 del, u otras notaciones similares, se refiere a la eliminación del aminoácido en la posición 69 a 70. La mutación se encuentra en la variante Alpha y podría provocar una "falla en la diana del gen de la espícula" y dar como resultado un falso negativo en la prueba de PCR del virus. [267]
RSYLTPGD246-253N
También denominada del 246-252 u otras expresiones similares, se refiere a la eliminación del aminoácido de la posición 246 a 252, en el dominio N-terminal de la proteína de la espiga, acompañada de un reemplazo del ácido aspártico (D) en la posición 253 por asparagina (N). [268] [269]
La mutación de eliminación de 7 aminoácidos se describe actualmente como única en la variante Lambda y se la ha atribuido como una de las causas de la mayor capacidad de la cepa para escapar de los anticuerpos neutralizantes según un artículo preimpreso. [270]
N440K
El nombre de la mutación, N440K, se refiere a un intercambio mediante el cual la asparagina (N) es reemplazada por lisina (K) en la posición 440. [271]
Se ha observado que esta mutación en cultivos celulares es 10 veces más infecciosa en comparación con la cepa A2a previamente extendida (sustitución A97V en la secuencia RdRP) y 1000 veces más en la cepa A3i menos extendida (sustitución D614G en Spike y sustitución a y P323L en RdRP). [272] Estuvo involucrada en aumentos rápidos de casos de COVID-19 en India en mayo de 2021. [273] India tiene la mayor proporción de variantes mutadas N440K, seguida de Estados Unidos y Alemania. [274]
G446V
El nombre de la mutación, G446V, se refiere a un intercambio mediante el cual la glicina (G) es reemplazada por valina (V) en la posición 446. [271]
El nombre de la mutación, L452R, se refiere a un intercambio mediante el cual la leucina (L) es reemplazada por arginina (R) en la posición 452. [271]
La L452R se encuentra en las variantes Delta y Kappa que circularon primero en la India, pero que desde entonces se han extendido por todo el mundo. La L452R es una mutación relevante en esta cepa que mejora la capacidad de unión al receptor ACE2 y puede reducir la adhesión de los anticuerpos estimulados por la vacuna a esta proteína de pico alterada.
Algunos estudios muestran que el L452R podría incluso hacer que el coronavirus sea resistente a las células T , que son necesarias para atacar y destruir las células infectadas por el virus. Son diferentes de los anticuerpos que son útiles para bloquear las partículas del coronavirus y evitar que prolifere. [139]
Y453F
El nombre de la mutación, Y453F, se refiere a un intercambio en el que la tirosina (Y) es reemplazada por fenilalanina (F) en la posición 453. Se ha descubierto que la mutación está potencialmente vinculada a la propagación del SARS-CoV-2 entre los visones en los Países Bajos en 2020. [276]
S477G/N
En varios estudios se identificó mediante métodos bioinformáticos y estadísticos una región altamente flexible en el dominio de unión al receptor (RBD) del SARS-CoV-2, que comienza en el residuo 475 y continúa hasta el residuo 485. La Universidad de Graz [277] y la empresa de biotecnología Innophore [278] han demostrado en una publicación reciente que, estructuralmente, la posición S477 es la que muestra la mayor flexibilidad entre ellas. [279]
Al mismo tiempo, S477 es hasta ahora el residuo de aminoácido intercambiado con mayor frecuencia en los RBD de mutantes del SARS-CoV-2. Mediante el uso de simulaciones de dinámica molecular de RBD durante el proceso de unión a hACE2, se ha demostrado que tanto S477G como S477N fortalecen la unión de la proteína pico del SARS-COV-2 con el receptor hACE2. El desarrollador de vacunas BioNTech [280] hizo referencia a este intercambio de aminoácidos como relevante para el diseño de futuras vacunas en una preimpresión publicada en febrero de 2021. [281]
E484Q
El nombre de la mutación, E484Q, se refiere a un intercambio mediante el cual el ácido glutámico (E) es reemplazado por glutamina (Q) en la posición 484. [271]
La variante Kappa que circula en la India tiene E484Q. Estas variantes fueron inicialmente denominadas (aunque de manera engañosa) "doble mutante". [282] La E484Q puede mejorar la capacidad de unión al receptor ACE2 y puede reducir la capacidad de los anticuerpos estimulados por la vacuna para unirse a esta proteína de pico alterada. [139]
E484K
El nombre de la mutación, E484K, se refiere a un intercambio por el cual el ácido glutámico (E) es reemplazado por lisina (K) en la posición 484. [271] Se le apoda "Eeek". [283]
Se ha informado que E484K es una mutación de escape (es decir, una mutación que mejora la capacidad de un virus para evadir el sistema inmunológico del huésped [284] [285] ) de al menos una forma de anticuerpo monoclonal contra SARS-CoV-2, lo que indica que puede haber un "posible cambio en la antigenicidad ". [286] La variante Gamma (linaje P.1), [125] la variante Zeta (linaje P.2, también conocido como linaje B.1.1.28.2) [128] y la variante Beta (501.V2) exhiben esta mutación. [286] También se ha detectado un número limitado de genomas del linaje B.1.1.7 con mutación E484K. [287] Se informa que los anticuerpos monoclonales y derivados del suero son de 10 a 60 veces menos efectivos para neutralizar el virus que porta la mutación E484K. [288] [289] El 2 de febrero de 2021, científicos médicos del Reino Unido informaron sobre la detección de E484K en 11 muestras (de 214.000 muestras), una mutación que puede comprometer la eficacia actual de la vacuna. [290] [291]
Es una de las mutaciones encontradas en Lambda, y se ha asociado con una menor susceptibilidad a los anticuerpos generados por aquellos que fueron infectados con otras cepas, lo que significa que el tratamiento con anticuerpos contra personas infectadas con cepas portadoras de dicha mutación sería menos efectivo. [293]
N501Y
N501Y denota un cambio de asparagina (N) a tirosina (Y) en la posición de aminoácido 501. [294] N501Y ha sido apodado "Nelly". [283]
PHE cree que este cambio aumenta la afinidad de unión debido a su posición dentro del dominio de unión al receptor de la glicoproteína de la espiga , que se une a ACE2 en las células humanas; los datos también respaldan la hipótesis de una mayor afinidad de unión a partir de este cambio. [88] El modelado de interacción molecular y los cálculos de energía libre de unión han demostrado que la mutación N501Y tiene la mayor afinidad de unión en variantes de preocupación RBD a hACE2. [1] Las variantes con N501Y incluyen Gamma, [286] [125] Alpha (VOC 20DEC-01), Beta y COH.20G/501Y (identificada en Columbus, Ohio ). [1] Esta última se convirtió en la forma dominante del virus en Columbus a fines de diciembre de 2020 y enero y parece haber evolucionado independientemente de otras variantes. [295] [296]
A partir de septiembre de 2021, hay 8 casos de pacientes en todo el mundo infectados con la variante Delta que presenta esta mutación N501S. Como se considera una mutación similar a la N501Y, se sospecha que tiene características similares a la mutación N501Y, que se cree que aumenta la infectividad del virus, sin embargo, aún se desconoce el efecto exacto. [298]
D614G
Prevalencia de la mutación D614G en todas las cepas de GISAID notificadas durante el transcurso de 2020. La convergencia con la unidad coincide estrechamente con el extremo superior de la curva logística . [299]
D614G es una mutación sin sentido que afecta a la proteína de pico del SARS-CoV-2. Desde sus primeras apariciones en el este de China a principios de 2020, la frecuencia de esta mutación en la población viral mundial aumentó al principio de la pandemia. [300] G ( glicina ) reemplazó rápidamente a D ( ácido aspártico ) en la posición 614 en Europa, aunque más lentamente en China y el resto del este de Asia, lo que respalda la hipótesis de que G aumentó la tasa de transmisión, lo que es consistente con mayores títulos virales e infectividad in vitro. [35] Los investigadores con la herramienta PANGOLIN apodaron a esta mutación "Doug". [283]
En julio de 2020, se informó que la variante D614G del SARS-CoV-2, más infecciosa, se había convertido en la forma dominante en la pandemia. [301] [302] [303] [304] PHE confirmó que la mutación D614G tenía un "efecto moderado en la transmisibilidad" y se estaba rastreando a nivel internacional. [294] [305]
La prevalencia global de D614G se correlaciona con la prevalencia de pérdida del olfato ( anosmia ) como síntoma de COVID-19, posiblemente mediada por una mayor unión del RBD al receptor ACE2 o una mayor estabilidad de la proteína y, por lo tanto, una mayor infectividad del epitelio olfativo . [306]
Las variantes que contienen la mutación D614G se encuentran en el clado G mediante GISAID [35] y en el clado B.1 mediante la herramienta PANGOLIN . [35]
Q677P/H
El nombre de la mutación, Q677P/H, se refiere a un intercambio en el que la glutamina (Q) es reemplazada por prolina (P) o histidina (H) en la posición 677. [271] Hay varios sublinajes que contienen la mutación Q677P; seis de ellos, que también contienen varias combinaciones diferentes de otras mutaciones, se conocen con nombres de aves. Uno de los primeros detectados, por ejemplo, se conoce como "Pelican", mientras que el más común de ellos a principios de 2021 se denominó provisionalmente "Robin 1". [307]
La mutación se ha reportado en múltiples linajes que circulaban dentro de los Estados Unidos a fines de 2020 y también en algunos linajes fuera del país. 'Pelican' se detectó por primera vez en Oregón y, a principios de 2021, 'Robin 1' se encontró a menudo en el medio oeste de los Estados Unidos , mientras que otro sublinaje Q667H, 'Robin 2', se encontró principalmente en el sureste de los Estados Unidos. [307] La frecuencia de registro de dicha mutación ha aumentado desde fines de 2020 hasta principios de 2021. [308]
P681H
Prevalencia logarítmica de P681H en 2020 según secuencias en la base de datos GISAID [299]
El nombre de la mutación, P681H, se refiere a un intercambio mediante el cual la prolina (P) es reemplazada por histidina (H) en la posición 681. [299]
En enero de 2021, los científicos informaron en una publicación preliminar que la mutación P681H, un rasgo característico de la variante Alpha y el linaje B.1.1.207 (identificado en Nigeria), está mostrando un aumento exponencial significativo en la frecuencia mundial, siguiendo así una tendencia que se esperaba en el extremo inferior de la curva logística. Esto puede compararse con la tendencia de la D614G, ahora mundialmente prevalente. [299] [309]
P681R
El nombre de la mutación, P681R, se refiere a un intercambio mediante el cual la prolina (P) es reemplazada por arginina (R) en la posición 681. [271]
El Consorcio Indio de Genómica del SARS-CoV-2 ( INSACOG ) descubrió que, además de las dos mutaciones E484Q y L452R, también hay una tercera mutación significativa, P681R, en el linaje B.1.617. Las tres mutaciones preocupantes se encuentran en la proteína de pico, la parte operativa del coronavirus que se une a las células receptoras del cuerpo. [139]
A701V
Según los primeros informes de los medios de comunicación, el Ministerio de Salud de Malasia anunció el 23 de diciembre de 2020 que había descubierto una mutación en el genoma del SARS-CoV-2, a la que designó como A701B(sic), entre 60 muestras recogidas del grupo Benteng Lahad Datu en Sabah . La mutación se caracterizó por ser similar a la encontrada recientemente en ese momento en Sudáfrica, Australia y los Países Bajos, aunque no estaba claro si esta mutación era más infecciosa o agresiva [ aclaración necesaria ] que antes. [310] El gobierno provincial de Sulu en la vecina Filipinas suspendió temporalmente los viajes a Sabah en respuesta al descubrimiento de 'A701B' debido a la incertidumbre sobre la naturaleza de la mutación. [311]
El 25 de diciembre de 2020, el Ministerio de Salud de Malasia describió una mutación A701V como circulante y presente en el 85% de los casos (D614G estaba presente en el 100% de los casos) en Malasia. [312] [313] Estos informes también se referían a muestras recogidas del grupo Benteng Lahad Datu. [312] [313] El texto del anuncio se reflejó textualmente en la página de Facebook de Noor Hisham Abdullah , Director General de Salud de Malasia, quien fue citado en algunos de los artículos de noticias. [313]
La mutación A701V tiene el aminoácido alanina (A) sustituido por valina (V) en la posición 701 de la proteína de la espícula. A nivel mundial, Sudáfrica, Australia, Países Bajos e Inglaterra también notificaron la presencia de A701V aproximadamente al mismo tiempo que Malasia. [312] En GISAID, se encontró que la prevalencia de esta mutación es de aproximadamente el 0,18 % de los casos. [312]
El 14 de abril de 2021, el Ministerio de Salud de Malasia informó que la tercera ola, que había comenzado en Sabah, había implicado la introducción de variantes con mutaciones D614G y A701V. [314]
Datos y métodos
La secuenciación moderna de ADN , cuando está disponible, puede permitir la detección rápida (a veces conocida como "detección en tiempo real") de variantes genéticas que aparecen en patógenos durante brotes de enfermedades. [315] Mediante el uso de software de visualización de árboles filogenéticos , los registros de secuencias genómicas se pueden agrupar en grupos de genomas idénticos que contienen todos el mismo conjunto de mutaciones. Cada grupo representa una "variante", un "clado" o un "linaje", y la comparación de las secuencias permite deducir la trayectoria evolutiva de un virus. En el caso del SARS-CoV-2, hasta marzo de 2021, se habían generado más de 330.000 secuencias genómicas virales mediante estudios de epidemiología molecular en todo el mundo. [316]
Se demostró que la vigilancia de las aguas residuales es una técnica para detectar variantes del SARS-CoV-2 [244] y rastrear su aumento para estudiar la dinámica de la infección en curso relacionada. [319] [320] [321]
Pruebas
El hecho de que una o más mutaciones visibles en las pruebas de RT-PCR puedan utilizarse de manera confiable para identificar una variante depende de la prevalencia de otras variantes que circulan actualmente en la misma población. [322] [323]
Transmisión entre especies
Existe el riesgo de que el COVID-19 se transfiera de los humanos a otras poblaciones animales y se combine con otros virus animales para crear aún más variantes que sean peligrosas para los humanos. [325] La propagación de la zoonosis inversa puede generar reservorios para variantes mutantes que se propaguen a los humanos, otra posible fuente de variantes preocupantes, además de las personas inmunodeprimidas. [326]
Grupo 5
A principios de noviembre de 2020, se descubrió el grupo 5 , también denominado ΔFVI-spike por el Instituto Estatal Danés de Sueros (SSI), [327] en el norte de Jutlandia , Dinamarca. Se cree que se propagó de los visones a los humanos a través de granjas de visones . El 4 de noviembre de 2020, se anunció que se sacrificaría la población de visones en Dinamarca para prevenir la posible propagación de esta mutación y reducir el riesgo de que se produjeran nuevas mutaciones. Se introdujeron un confinamiento y restricciones de viaje en siete municipios del norte de Jutlandia para evitar que la mutación se propagara, lo que podría comprometer las respuestas nacionales o internacionales a la pandemia de COVID-19 . Para el 5 de noviembre de 2020, se habían detectado unos 214 casos humanos relacionados con los visones. [328]
La OMS afirmó que el grupo 5 tenía una "sensibilidad moderadamente reducida a los anticuerpos neutralizantes". [329] El SSI advirtió que la mutación podría reducir el efecto de las vacunas contra la COVID-19 en desarrollo, aunque era poco probable que las volviera inútiles. Tras el confinamiento y las pruebas masivas, el SSI anunció el 19 de noviembre de 2020 que el grupo 5 con toda probabilidad se había extinguido. [330] Al 1 de febrero de 2021, los autores de un artículo revisado por pares , todos ellos del SSI, evaluaron que el grupo 5 no estaba en circulación en la población humana. [331]
Vacunas
Durante la pandemia de COVID-19, se desarrolló una variedad de vacunas que se pusieron a disposición de una amplia gama de destinatarios, comenzando generalmente por los grupos demográficos más vulnerables.
Eficacia diferencial de las vacunas
La interacción entre el virus SARS-CoV-2 y sus huéspedes humanos fue inicialmente natural, pero luego comenzó a alterarse con la creciente disponibilidad de vacunas observada en 2021. [332] La posible aparición de una variante del SARS-CoV-2 que sea moderada o totalmente resistente a la respuesta de anticuerpos provocada por las vacunas contra la COVID-19 puede requerir la modificación de las vacunas. [333] La aparición de variantes resistentes a las vacunas es más probable en una población altamente vacunada con transmisión descontrolada. [334]
En febrero de 2021, la Administración de Alimentos y Medicamentos de Estados Unidos creía que todas las vacunas autorizadas por la FDA seguían siendo eficaces para proteger contra las cepas circulantes del SARS-CoV-2. [333]
Evasión inmunitaria por variantes
A diferencia de otras variantes investigadas anteriormente, la variante ómicron del SARS-CoV-2 [335] [336] [337] [338] [339] y sus subvariantes BA.4/5 [340] han evadido la inmunidad inducida por las vacunas, lo que puede provocar infecciones posvacunación a pesar de la vacunación reciente. No obstante, se cree que las vacunas brindan protección contra enfermedades graves, hospitalizaciones y muertes debido a la variante ómicron. [341]
Ajustes de la vacuna
En junio de 2022, Pfizer y Moderna desarrollaron vacunas bivalentes para proteger contra el SARS-CoV-2 de tipo salvaje y la variante ómicron. Las vacunas bivalentes son bien toleradas y ofrecen una inmunidad a la ómicron superior a las vacunas de ARNm anteriores. [342] En septiembre de 2022, la Administración de Alimentos y Medicamentos de los Estados Unidos (FDA) autorizó las vacunas bivalentes. [343] [344] [345]
En junio de 2023, la FDA recomendó a los fabricantes que la formulación 2023-2024 de las vacunas contra la COVID-19 para su uso en los EE. UU. se actualizara para que fuera una vacuna monovalente contra la COVID-19 que utilizara el linaje XBB.1.5 de la variante Ómicron. [346] [347] En junio de 2024, la FDA recomendó a los fabricantes que la formulación 2024-2025 de las vacunas contra la COVID-19 para su uso en los EE. UU. se actualizara para que fuera una vacuna monovalente contra la COVID-19 que utilizara el linaje JN.1. [348]
^ ab En otra fuente, GISAID nombra un conjunto de 7 clados sin el clado O pero que incluye un clado GV. [21]
^ Según la OMS, “Los linajes o clados pueden definirse en función de los virus que comparten un ancestro común determinado filogenéticamente”. [52]
^ A partir de enero de 2021 [update], se debe cumplir al menos uno de los siguientes criterios para contar como clado en el sistema Nextstrain (cita de la fuente): [20]
Un clado alcanza >20% de frecuencia global durante 2 o más meses
Un clado alcanza una frecuencia regional >30% durante 2 o más meses
Se reconoce una VOC ('variante preocupante') (se aplica actualmente [6 de enero de 2021] a 501Y.V1 y 501Y.V2)
^ Basado en varios rastreadores [24] [25] [30] [67] [68] e informes periódicos. [69] [70] [71]
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Lectura adicional
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Enlaces externos
Scholia tiene un perfil para variantes del SARS-CoV-2 (Q104450895).
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