GISAID ( / ˈ ɡ ɪ s eɪ d / ), la Iniciativa global para compartir todos los datos sobre la influenza , [9] anteriormente Iniciativa global para compartir datos sobre la influenza aviar , [10] [11] es una iniciativa científica global establecida en 2008 para proporcionar acceso a datos genómicos de los virus de la influenza . La base de datos se amplió para incluir el coronavirus responsable de la pandemia de COVID-19 , [12] [13] así como otros patógenos. La base de datos ha sido descrita como "el depósito de secuencias de COVID-19 más grande del mundo". [14] GISAID facilita la epidemiología genómica y la vigilancia en tiempo real para monitorear la aparición de nuevas cepas virales de COVID-19 en todo el planeta. [15]
Desde su establecimiento como una alternativa al intercambio de datos sobre la influenza aviar [16] a través de archivos convencionales de dominio público, [17] GISAID ha facilitado el intercambio de datos del genoma del brote [17] durante la pandemia H1N1 [18] [19] en 2009, el Epidemia de H7N9 [20] [21] en 2013, la pandemia de COVID-19 [22] [23] y el brote de mpox de 2022-2023 . [24]
Desde 1952, los Centros Nacionales de Influenza (NIC) han recolectado cepas de influenza y las han distribuido a través del Sistema Mundial de Vigilancia y Respuesta a la Influenza (GISRS) de la OMS. [25] Los países proporcionaron muestras a la OMS, pero luego los datos se compartieron con ellos de forma gratuita con compañías farmacéuticas que podían patentar vacunas producidas a partir de las muestras. [26] A partir de enero de 2006, la investigadora italiana Ilaria Capua se negó a cargar sus datos en una base de datos cerrada y pidió que los datos genómicos sobre la influenza aviar H5N1 fueran de dominio público. [27] [28] En una conferencia de la Red de Expertos en Influenza Animal de la OIE/FAO , Capua convenció a los participantes para que aceptaran cada secuencia y publicaran datos sobre 20 cepas de influenza. A algunos científicos les preocupaba compartir sus datos en caso de que otros publicaran artículos científicos utilizando los datos que tenían ante ellos, pero Capua descartó esto diciendo a Science "¿Qué es más importante? ¿Otro artículo para el equipo de Ilaria Capua o abordar una amenaza importante para la salud? Dejemos claras nuestras prioridades". ". [28] Peter Bogner , un alemán de unos 40 años que vive en los EE. UU. y que anteriormente no tenía experiencia en salud pública, leyó un artículo sobre el llamado de Capua y ayudó a fundar y financiar GISAID. [29] [30] Bogner conoció a Nancy Cox , quien entonces dirigía la división de influenza de los Centros para el Control de Enfermedades de EE. UU . en una conferencia, y Cox pasó a presidir el Consejo Asesor Científico de GISAID. [17]
El acrónimo GISAID fue acuñado en una carta por correspondencia publicada en la revista Nature en agosto de 2006, [30] en la que se presentaba la aspiración inicial de crear un consorcio para una nueva Iniciativa Global para Compartir Datos sobre la Influenza Aviar (más tarde, "Todos" reemplazaría a "Aviar"). "), por el cual sus miembros [17] publicarían datos en bases de datos disponibles públicamente hasta seis meses después del análisis y validación. [31] Inicialmente la organización colaboró con la organización australiana sin fines de lucro Cambia y el proyecto Creative Commons Science Commons . [32] Aunque no se establecieron reglas básicas esenciales para el intercambio, [33] la carta de correspondencia fue firmada por más de 70 científicos destacados, incluidos siete premios Nobel , porque el acceso a los datos genéticos más recientes sobre el virus zoonótico altamente patógeno H5N1 estaba a menudo restringido. , en parte debido a la vacilación de los estados miembros de la Organización Mundial de la Salud a compartir sus genomas de virus y poner en riesgo los derechos de propiedad. [34]
Hacia finales de 2006, Indonesia anunció que no compartiría muestras de gripe aviar con la OMS, lo que provocó una crisis sanitaria mundial debido a una epidemia en curso. [26] En octubre de 2006, Indonesia había aceptado compartir sus datos con GISAID, [35] que su ministro de salud consideraba que tenía un mecanismo "justo y transparente" para compartir datos. [36] Fue uno de los primeros países en hacerlo. [37] En febrero de 2007, GISAID y el Instituto Suizo de Bioinformática (SIB) anunciaron un acuerdo de cooperación, [17] con el SIB construyendo y administrando la base de datos EpiFlu en nombre de GISAID. [38] Finalmente, GISAID se lanzó en mayo de 2008 en Ginebra con motivo de la 61ª Asamblea Mundial de la Salud, como una base de datos basada en registros en lugar de un consorcio. [17]
En 2009, SIB desconectó la base de datos del portal GISAID debido a una disputa contractual, lo que resultó en un litigio. [38] [4] [39] En abril de 2010, la República Federal de Alemania anunció durante la Séptima Conferencia Ministerial Internacional sobre Influenza Aviar y Pandémica en Hanoi , Vietnam , que GISAID había celebrado un acuerdo de cooperación [40] con el gobierno alemán, convertir a Alemania en el anfitrión a largo plazo de la plataforma GISAID. [41] Según el acuerdo, el Ministerio Federal de Alimentación, Agricultura y Protección del Consumidor de Alemania debía garantizar la sostenibilidad de la iniciativa proporcionando instalaciones técnicas de acogida, [42] y el Instituto Federal de Sanidad Animal , el Instituto Friedrich Loeffler , debía garantizar la plausibilidad y curación de datos científicos en GISAID. Para 2021, el ministerio ya no participaba ni en el alojamiento ni en la curación de bases de datos. [43] En 2013, GISAID disolvió una organización sin fines de lucro con sede en Washington DC y la organización pasó a ser operada por una asociación alemana llamada Freunde von GISAID (Amigos de GISAID). [29]
Algunas de las primeras secuencias genéticas del SARS-CoV-2 fueron publicadas por el Centro Chino para el Control y la Prevención de Enfermedades y compartidas a través de GISAID a mediados de enero de 2020. [44] Desde 2020, se han cargado millones de secuencias del genoma del SARS-CoV-2 a la base de datos GISAID. [45]
En 2022, GISAID añadió el virus Mpox [46] y el virus respiratorio sincitial (VRS) [47] a la lista de patógenos respaldados por su base de datos. El Ministerio de Salud de Indonesia anunció en noviembre de 2023 el establecimiento de la Academia GISAID en Bali , para centrarse en la educación bioinformática, la vigilancia genómica avanzada de patógenos y una mayor capacidad de respuesta regional. [48]
El modelo GISAID de incentivar y reconocer a quienes depositan datos ha sido recomendado como modelo para futuras iniciativas; [49] Debido a este trabajo, la entidad ha sido descrita como "un escudo crítico para la humanidad". [50]
GISAID mantiene lo que se ha descrito como "el depósito de secuencias de COVID-19 más grande del mundo", [14] y "con diferencia, la base de datos de secuencias de SARS-CoV-2 más grande del mundo". [7] A mediados de abril de 2021, la base de datos SARS-CoV-2 de GISAID alcanzó más de 1.200.000 presentaciones, un testimonio del arduo trabajo de investigadores en más de 170 países diferentes. [51] Solo tres meses después, el número de secuencias de SARS-CoV-2 cargadas se había duplicado nuevamente, a más de 2,4 millones. [52] A finales de 2021, la base de datos contenía más de 5 millones de secuencias del genoma; [53] hasta diciembre de 2021, se habían enviado más de 6 millones de secuencias; [54] en abril de 2022, había 10 millones de secuencias acumuladas; y en enero de 2023 la cifra había llegado a 14,4 millones. [55]
En enero de 2020, los datos de la secuencia genética del SARS-CoV-2 se compartieron a través de GISAID. [56] A lo largo del primer año de la pandemia de COVID-19, la mayoría de las secuencias del genoma completo del SARS-CoV-2 que se generaron y compartieron a nivel mundial se enviaron a través de GISAID. [57] Cuando se detectó la variante Omicron del SARS-CoV-2 en Sudáfrica, al cargar rápidamente la secuencia en GISAID, el Instituto Nacional de Enfermedades Transmisibles pudo saber que Botswana y Hong Kong también habían informado casos que poseían el mismo gen. secuencia. [58]
En marzo de 2023, GISAID suspendió temporalmente el acceso a la base de datos de algunos científicos, eliminando datos sin procesar relevantes para las investigaciones sobre los orígenes del SARS-CoV-2 . [59] [60] [61] GISAID declaró que no eliminan registros de su base de datos, pero los datos pueden volverse temporalmente invisibles durante las actualizaciones o correcciones. [62] [63] [64] Se restableció la disponibilidad de los datos, con una restricción adicional de que cualquier análisis basado en ellos no se compartiría con el público. [sesenta y cinco]
La junta directiva de Amigos de GISAID está formada por Peter Bogner y dos abogados alemanes que no participan en las operaciones diarias de la organización. [29] El asesoramiento científico a la organización lo proporciona su Consejo Asesor Científico, que incluye directores de los principales laboratorios de salud pública , como los Centros Colaboradores de la OMS para la Influenza. [66] En 2023, algunos financiadores de GISAID, incluida la Comisión Europea y la Fundación Rockefeller , criticaron la falta de transparencia de GISAID , y la Federación Internacional de Asociaciones y Fabricantes Farmacéuticos (IFPMA) le negó la financiación a largo plazo . [67] [68] En junio de 2023, se informó en Vanity Fair que Bogner había dicho que "GISAID pronto lanzará una junta de cumplimiento independiente 'responsable de abordar una amplia gama de cuestiones de gobernanza'". [10] The Telegraph informó de manera similar que el abogado interno de GISAID estaba desarrollando nuevos procesos de gobernanza destinados a ser transparentes y permitir la resolución de disputas científicas sin la participación de Bogner. [50]
La creación de la base de datos GISAID fue motivada en parte por las preocupaciones planteadas por investigadores de países en desarrollo , [69] y Scientific American señaló en 2009 que "un sistema anterior de intercambio de datos administrado por la OMS los obligó a renunciar a los derechos de propiedad intelectual de sus muestras de virus cuando las enviaron a la OMS. Las muestras de virus luego serían utilizadas por compañías farmacéuticas privadas para fabricar vacunas a las que se les conceden patentes y se venden con ganancias a precios que muchas naciones pobres no pueden permitirse". [4] En un artículo de 2022 en The Lancet , se señaló además que los científicos de América del Norte y Europa buscaban acceso sin restricciones, y que "los científicos de África exigían protección suficiente para quienes generan y comparten datos según los términos y condiciones de GISAID". [69] A diferencia de las bases de datos de dominio público como GenBank y EMBL , los usuarios de GISAID deben tener su identidad confirmada y aceptar un Acuerdo de Acceso a la Base de Datos que rige la forma en que se pueden utilizar los datos de GISAID. [50] [70] Estos Términos de uso "favorecen al proveedor de datos y le otorgan un control duradero sobre los datos genéticos que cargan". [50] Impiden que los usuarios compartan datos con otros usuarios que no los hayan aceptado, y exigen que los usuarios de los datos den crédito a los generadores de datos en el trabajo publicado, y también hagan un intento razonable de colaborar con los generadores de datos e involucrarlos. en investigaciones y análisis que utilizan sus datos. [10] [50]
Una dificultad que el Acuerdo de Acceso a Datos de GISAID intenta abordar es que muchos investigadores temen que compartir los datos de la secuencia de la influenza pueda facilitar su apropiación indebida a través de reclamos de propiedad intelectual por parte de la industria de las vacunas y otros, obstaculizando el acceso a las vacunas y otros artículos en los países en desarrollo, ya sea a través de altos costos. o impidiendo la transferencia de tecnología . Si bien la mayoría de los expertos en interés público están de acuerdo con GISAID en que los datos de la secuencia de la influenza deben hacerse públicos, y esto es objeto de acuerdo por parte de muchos investigadores, algunos proporcionan la información sólo después de presentar solicitudes de patente, mientras que otros han dicho que el acceso a ella debería ser sólo en el condición de que no se presenten patentes u otros reclamos de propiedad intelectual, como fue controvertido con el Proyecto Genoma Humano . [71] El Acuerdo de Acceso a Datos de GISAID aborda esto directamente para promover el intercambio de datos. Los procedimientos de GISAID sugieren además que quienes acceden a la base de datos EpiFlu consulten los países de origen de las secuencias genéticas y los investigadores que las descubrieron. Como resultado, la licencia GISAID ha sido importante en la preparación rápida para una pandemia. [72] Sin embargo, estas restricciones evidencian críticas comunes a un modelo de datos abiertos . [73] [74]
GISAID se describe a sí mismo como "acceso abierto", lo que naturalmente se replica en los medios de comunicación y en las publicaciones periódicas. De hecho, esta descripción se alinea con el anuncio original del consorcio, [31] que también mencionaba el depósito de los datos en las bases de datos que participan en el INSDC . A marzo de 2023, este no es el caso, ya que "GISAID no ofrece un mecanismo para liberar datos a ninguna otra base de datos". [75] Algunos artículos académicos han comparado el modelo de concesión de licencias de GISAID con bases de datos abiertas y sin restricciones , [76] [72] [77] destacando las diferencias, mientras que otros investigadores han firmado una carta abierta pidiendo el uso de cualquiera de las bases de datos sin restricciones del INSDC. [78] [79]
En 2017, el consejo editorial de GISAID declaró que " re3data.org y DataCite , el proveedor líder mundial de identificadores de objetos digitales (DOI) para datos de investigación, afirmaron la designación del acceso a la base de datos y a los datos de GISAID como Acceso Abierto". [80] Sin embargo, después de que se suspendieran las cuentas de varios investigadores en marzo de 2023, según informó la revista Science [81] y otros medios de comunicación, [82] su estado de acceso abierto fue revocado por el Registro de Repositorios de Datos de Investigación (re3data) , que ahora lo clasifica como un "repositorio de acceso restringido". [83] En 2020, el científico jefe de la Organización Mundial de la Salud, Soumya Swaminathan, calificó la iniciativa como "un punto de inflexión", [12] mientras que el codirector del Instituto Europeo de Bioinformática (EBI), Rolf Apweiler, ha argumentado que debido a que no permite que las secuencias Si se comparte públicamente, obstaculiza los esfuerzos por comprender el coronavirus y el rápido aumento de nuevas variantes. [78]
Las restricciones de acceso de GISAID han llevado a conflictos con "laboratorios e instituciones cuyas prioridades son académicas en lugar de estar impulsadas por las prioridades inmediatas de protección de la salud pública". [50] En enero de 2021, el acceso restringido de GISAID llevó a un grupo de científicos a escribir una carta abierta solicitando que las secuencias del SARS-CoV-2 se depositaran en bases de datos abiertas, [84] que fue replicada en las revistas Nature [73] [85 ] y la ciencia . [7] Además, el artículo de Science señala que la falta de transparencia en el acceso a la base de datos también impide que muchos científicos incluso critiquen la plataforma. [7] Un artículo de 2017 que describe el éxito de GISAID menciona que revocar las credenciales de los investigadores era poco común, pero sucedió. [86] La misma publicación describió un "mérito percibido en la fórmula de GISAID para equilibrar la necesidad de control y apertura". En abril de 2023, Science y The Economist informaron que estos problemas continúan, así como la falta de transparencia de su gobernanza. [68] [67] Una investigación realizada por The Telegraph sobre las afirmaciones hechas por Science señaló los incentivos de varios competidores potenciales en el campo, para quienes GISAID es un obstáculo para la consolidación del control sobre el campo, y también señaló que la posición de GISAID lo coloca inevitablemente en el centro de las disputas entre grupos de científicos, lo que tenderá a hacer que el lado perdedor culpe a GISAID por ese resultado. [50]
Con más de 700.000 genomas de más de 160 países, GISAID es, con diferencia, la base de datos de secuencias del SARS-CoV-2 más grande del mundo.
El Consejo Asesor Científico (SAC) asesora y apoya a la Iniciativa en la consecución de sus objetivos científicos y de salud pública. Sus miembros son destacados científicos con experiencia en virología, microbiología, biología computacional y molecular, epidemiología, genómica evolutiva y bioinformática, y salud pública o salud animal.
La base de datos de la Iniciativa global para compartir todos los datos sobre la influenza (GISAID) está abordando de manera muy competente el muestreo global de SARS-CoV-2.
La variante omicrón... representó el 78% de las muestras positivas de COVID de Nueva York secuenciadas genéticamente cargadas en GISAID, el depósito de secuencias de COVID-19 más grande del mundo, durante las últimas dos semanas.
China, Rusia y otras naciones que durante mucho tiempo han ocultado muestras del virus de la influenza y datos de secuenciación de ADN a la comunidad internacional también participan en la iniciativa, diciendo que ofrece total transparencia y, por primera vez, protección básica de los derechos de propiedad intelectual. .
GISAID exigió además que los usuarios de datos no sólo dieran crédito a quienes los enviaron, sino que hicieran el máximo esfuerzo para trabajar con ellos e incluirlos en análisis conjuntos sobre datos de secuencias virales, inclinando aún más la balanza a favor de la colaboración. Este intercambio obligatorio no sólo de datos, sino también de los beneficios de la investigación, ha resultado en un cambio de paradigma que ayuda a poner en pie de igualdad a los contribuyentes de entornos con mayores o menores recursos. ... La adopción de un sistema de crédito compartido similar al de GISAID garantizaría que, independientemente de la configuración de los recursos, los depositantes de datos sean incentivados y reconocidos.
Más de 1,2 millones de secuencias del genoma del coronavirus de 172 países y territorios se han compartido en una popular plataforma de datos en línea.
Hasta el 20 de julio, se han enviado a GISAID un total de más de 2,4 millones de secuencias de SARS-CoV-2.
Durante el primer año de la pandemia, se generaron y compartieron una gran cantidad de secuencias del genoma completo del SARS-CoV-2 en todo el mundo, principalmente a través de GISAID.
Según GISAID, el porcentaje de todos los usuarios activos cuyas credenciales de acceso a la plataforma GISAID han sido revocadas en el momento de escribir este artículo es de alrededor del 0,16%.