El nombre provincias internas refiere a los territorios del virreinato que se fueron agregando a los reinos originales del mismo, formando su frontera septentrional.
En las instrucciones a Croix el rey dispuso que la comandancia general fuese solo nominalmente dependiente del virrey:
El rey dispuso que la sede del comandante fuese inicialmente el pueblo de Arizpe, pudiendo éste elegir otro lugar si así le convenía.
[3] Como auditor de guerra y asesor fue designado Pedro Galindo Navarro.
[5] Por instrucciones de la Real Audiencia de Guadalajara el coronel José Antonio Rengel de Alcaraz y Páez (o Rangel) sucedió interinamente en el cargo a Neve hasta que en 1786 fue nombrado Jacobo Ugarte y Loyola, decidiendo el rey que la comandancia quedara bajo la dependencia del virrey Bernardo de Gálvez y Madrid, quien tenía particular interés en la frontera norte debido a que previamente fue gobernador de la Luisiana española.
[9] Por orden del rey en marzo de 1787 la autoridad virreinal fue restaurada sobre la comandancia general y el 3 de diciembre de 1787 el virrey Manuel Antonio Flórez Maldonado la dividió en dos comandancias generales separadas por el río Guanaval, con jurisdicción solo militar, pues los intendentes retuvieron sus funciones: En 1787 se consideró crear una real audiencia con jurisdicción sobre las Provincias Internas, pero el proyecto no se llevó a efecto.
Se dispuso también en 1793 que las Californias, el Nuevo Reino de León y Nuevo Santander se pusieran bajo gobernadores militares directamente sujetos al virrey y separados de la comandancia general.
El 1 de mayo de 1811 el rey ordenó nuevamente la división de la comandancia general, pero se retrasó hasta que Salcedo y Salcedo fue remplazado en 1813 por dos comandantes generales: Simón Herrera y Leyva (remplazado ese año por Joaquín de Arredondo, tras su ejecución por los insurgentes en San Antonio) en el Oriente y Bernardo Bonavia y Zapata en el Occidente.
[14] En 1812 Nuevo Santander volvió a integrarse en las Provincias Internas del Oriente.
En marzo de 1812 al sancionarse la Constitución de Cádiz, ésta dividió el virreinato en provincias gobernadas por jefes políticos superiores, sin establecer cuáles eran esas provincias, lo que se haría luego que las circunstancias políticas de la Nación lo permitan.
Poniendo fin al dominio español en el norte de Nueva España.