Fue la tercera intendencia creada en América por la corona española y funcionó de manera experimental hasta la generalización del régimen de intendencias en Nueva España en 1786.

El gobierno de Sonora y Sinaloa se hallaba en un área de frontera en guerra contra indígenas nómadas como los apaches y los seris, mientras que otros pueblos, como los pimas, ópatas, yaquis y mayos se hallaban establecidos en misiones, pero que causaron frecuentes rebeliones.

Desde 1741 fueron creados presidios militares en Sonora para vigilar a esos pueblos: Buenavista para los yaquis; Pitic (actual Hermosillo) y Horcasitas para los seris y pimas; Altar, Tucson (en el actual estado de Arizona), Santa Cruz de Terrenate y Fronteras para los apaches.

Se dedicó a confeccionar padrones y cuentas de tributarios.

En las instrucciones a Croix el rey ordenó que la comandancia general fuese solo nominalmente dependiente del virrey, dependiendo directamente de su persona.

El rey dispuso que la sede del comandante fuese inicialmente el pueblo de Arizpe, pudiendo este elegir otro lugar si así le convenía.

En 1782 el rey otorgó a Arizpe la categoría de ciudad.

La ordenananza se basaba en la dictada para el virreinato del Río de la Plata en 1782.

En asuntos militares el intendente también dependía del comandante general y tenía el mando de las tropas en su territorio, excepto que no fuera militar, ya que en ese caso solo se encargaba de los asuntos administrativos del ejército y el mando era ejercido por un comandante.

Para 1790 la Real Caja tenía ocho administraciones subalternas en Arizpe, San Miguel de Horcasitas, San Antonio de la Huerta, Cieneguilla, Álamos, Sinaloa, Culiacán, y Cosalá.

Fue designado como primer obispo con sede en Arizpe fray Francisco Antonio de los Reyes.

En mayo de 1814 el rey Fernando VII anuló la constitución y se volvió al régimen anterior.

El intendente brigadier García Conde organizó un pequeño ejército al mando del teniente coronel Pedro de Villaescusa y lo envió a El Rosario en la frontera con la intendencia de Durango.

Luego de que los insurgentes ocuparan Guadalajara, Miguel Hidalgo envió desde allí a José María González de Hermosillo hacia las Provincias Internas para propagar la insurrección.