Firme opositor del partido de los conservadores mexicanos, lo cual lo llevó a la cárcel en 1856 y en 1857.
Durante la Segunda Intervención Francesa, iniciada en 1862, alcanzó el grado de general y sirvió como jefe del Ejército del Centro, combatiendo a los extranjeros en las serranías de Michoacán.
Se desempeña durante 1855 como regidor, en 1856 como secretario del ayuntamiento de la Ciudad de México y entre 1856 y 1857 como diputado suplente al Congreso Constituyente (mismo congreso que formuló la Constitución del 57).
A la muerte del general José María Arteaga se le confiere el mando de general en jefe del Ejército Republicano del Centro y al término de la campaña republicana en Michoacán, entrega las tropas a su mando al general Nicolás Régules.
Logra organizar una nueva brigada, con la que toma y sitia la ciudad de Toluca y con la que después participa en el sitio de Querétaro.
En aquella prisión escribe gran parte del segundo tomo, Historia del virreinato (1521-1807) de México a través de los siglos, obra por él coordinada.
Sus restos fueron repatriados desde España (estaban enterrados en el cementerio San Justo y Pastor) en 1936 para ser depositados en la Rotonda de las Personas Ilustres.
El género que más le sonríe siempre en popularidad es la novela.
Junto con Juan A. Mateos coescribe zarzuelas y escenas teatrales satirizando la política mexicana.
Junto con Juan de Dios Peza narra leyendas en verso en Tradiciones y leyendas mexicanas (1917) y crean a la imaginaria poetisa romántica Rosa Espino para publicar Flores del alma (1888, junto con el editor Santiago Ballescá,[4] la obra México a través de los siglos, trabajo enciclopédico; encargándose él mismo de escribir el segundo tomo, dedicado a la Colonia.
En su obra Los Ceros critica y polemiza a la clase política mexicana, lo que lo identifica como un personaje virulento para el régimen porfirista.
Por su obra literaria, fue designado miembro correspondiente de la Real Academia Española.