Arteaga fue herido y logró salvarse sólo gracias a la ayuda de un fraile que lo ocultó en su celda.Varios oficiales federales fueron hechos prisioneros, quedando la población en manos de Mejía, cuyas tropas saquearon la ciudad, incluso una biblioteca recién fundada por Arteaga fue devorada por el fuego.El coronel Juan Vélez al llegar a Cutzamala coloca hombres en la nave de la monumental iglesia y en la torre de la misma, guardando totopo y carne salada en el ex convento anexo.El general José María Arteaga le pone sitio a Cutzamala en la tarde de ese día, pero como la iglesia era una auténtica fortaleza en lo alto de una gran loma no podía desalojar al enemigo, y así pasaron muchos días.Las tres brigadas que sitiaban a Cutzamala entran al pueblo tomando la iglesia y agarrando prisioneros a 186 hombres, unos enviados al fuerte de Acapulco y otros fusilados atrás de la iglesia.Dice el Directorio Parroquial de 1881, según Crónicas de Tierra Caliente, que el general José María Arteaga entra a la iglesia "con sombrero y las botas puestas, vituperando a las familias que ahí se habían refugiado".Robles Pezuela se dirigió hacia Tehuacán para entablar pláticas con los altos mandos del Ejército francés; sin embargo, su objetivo no pudo ser alcanzado debido a que el ministro de relaciones exteriores, Manuel Doblado, le advirtió por telégrafo de este hecho al general Ignacio Zaragoza, quien a su vez ordenó que se le capturara.La oportuna llegada del general Porfirio Díaz evitó que la derrota se convirtiera en desastre.Como político, su servicio, ahora en Occidente, se enfocó a ser gobernador del estado de Jalisco en 1863 y 1864.Como militar, producto de las acciones en que participó, le fueron proporcionando merecidos ascensos y fue precisamente allí en Jalisco donde se le dio la banda de general de División y fue nombrado general en jefe del Ejército del Centro, fuerza unida con base en los generales Vicente Riva Palacio y Carlos Salazar Ruiz.
