Una de sus grandes contribuciones fue la fonetización del idioma zapoteco y su transcripción al alfabeto latino.

Fue hijo de Arnulfo Morales (a quien no conoció) y Martina Henestrosa.

En 1936, gracias a recomendación de Langston Hughes,[3]​ la Fundación Guggenheim lo becó para realizar estudios sobre la cultura zapoteca.

Recorrió gran parte de Estados Unidos para sus investigaciones, que tuvieron como resultado la hispanización del idioma zapoteco, la creación de su alfabeto y un Diccionario zapoteco-español.

[4]​ En 1982 fue elegido senador por Oaxaca por el Partido Revolucionario Institucional.

En 1972, bajo el título de Obra completa, apareció en un volumen todo cuanto hasta entonces había publicado Henestrosa, y posteriormente publicó De Ixhuatán, mi tierra, a Jerusalén, tierra del Señor (1976) y El maíz, riqueza del pobre (1981).

Prolífico autor, escribió el prólogo de más de cuarenta obras de autores mexicanos y extranjeros, y realizó en colaboración con Ermilo Abreu Gómez, Jesús Zavala y Clemente López Trujillo en 1946 La antología.