[1]​[2]​ Fue el segundo hijo del matrimonio formado por el prolífico comerciante y capitán insurgente José Mariano Méndez y la señora María de Jesús Sánchez.

Entre 1830 y 1832 ingresa a la Escuela de Primeras Letras bajo la dirección del maestro José María Vargas, posteriormente su padre lo envía en compañía de su hermano mayor Leocadio Guadalupe Méndez Sánchez al Colegio Carolino de la Ciudad de Puebla, donde luego de dos años de arduo estudio regresan a su población natal, el joven Leocadio Guadalupe manifestó a su padre la intención de no continuar con sus estudios y ayudarlo en los trabajos comerciales, por lo que don José Mariano decidió interrumpir los estudios superiores de ambos.

Este matrimonio no fue del agrado de su padre, por lo que tuvo que trabajar arduamente por su propia cuenta para sostener a su recién formada familia, desempeñándose notablemente en el oficio de platero.

Por el uso de sustancias tóxicas, el joven Juan Nepomuceno enfermó gravemente hasta perder temporalmente la vista.

Gracias a la intervención de sus amigos, don José Mariano tendió la mano a su hijo Juan Nepomuceno, cediéndole un pequeño capital el cual trabajó inteligentemente, logrando establecer otra próspera casa comercial, además de comercializar con plata y vainilla.

Lamentablemente por órdenes de Antonio López de Santa Anna es destituido de su cargo, por lo que en noviembre de ese año los ayuntamientos del Partido de Tetela del Oro envían una comisión al gobierno del estado, conformada por los señores Pilar Rivera, Juan Crisóstomo Bonilla y Nazario Bonilla con el fin de restituirlo en su cargo, recibiendo el diciembre su nuevo nombramiento, ejerciendo hasta el año siguiente.

El general Jesús González Ortega, general en jefe del cuerpo de Ejército de Oriente lo nombra jefe del Fuerte de Loreto, no obstante en abril es necesario conducirlo al hospital en la Ciudad de Puebla, debido a que la herida que recibiese durante la batalla del 5 de mayo, se había vuelto a abrir y amenazaba su existencia.

Ese mismo día es atacado el 2.º Batallón Guardia Nacional de Xochiapulco al mando del general Juan Francisco Lucas y de los coroneles Juan Crisóstomo Bonilla y Luis Antonio Díaz, por una columna de 3000 hombres traidores de Zacapoaxtla, Tlatlauquitepec, San Juan de los Llanos, entre cuyas fuerzas se encontraban las del indio Cenobio Cantero, siendo desalojados los republicanos de la Cumbre de Apulco y posteriormente de Huahuaxtla, ese mismo día son atacadas las fuerzas del general Ortega en Ahuacatlán, siendo repelido el ataque.

Por la tarde llegan los hombres de Xochiapulco a Tetela de Ocampo, en la noche hay reunión de jefes, decidiendo formar dos columnas, la primera irían con el general Méndez a unirse a las fuerzas del General Ortega y continuar hasta la tierra caliente, uniéndose al general Vicente Lara, bajo las órdenes del general Lázaro Muñoz y la otra permanecería en la Sierra haciendo la guerra de guerrillas al enemigo.

El 3 de noviembre, nuevamente el visitador imperial Francisco Villanueva, invita a Juan N. Méndez a que se acoja a la amnistía brindada por el gobierno imperial, recibiendo respuesta negativa.

El 15 de enero de 1866 las fuerzas republicanas capitulan definitivamente ante el enemigo, en ese acuerdo paz, también se incluyen a las fuerzas que operan en la Sierra Norte de Puebla bajo el mando de los generales Juan Francisco Lucas y Juan Crisóstomo Bonilla.

Durante su administración, el general Méndez reorganizó el Ejército Nacional y la Guardia Nacional; abolió la leva, la pena de muerte civil y los castigos corporales; otorgó una efectiva libertad de culto, y decretó la obligatoriedad de la educación primaria, todo bajo un estricto programa liberal fundamentado en la Constitución de 1857, en las Leyes de Reforma y en lo estipulado en el Plan de Tuxtepec.

Un hecho francamente reconocido era su notable juicio e indulgencia, al nunca autorizar un fusilamiento sin antes realizar un justo juicio, agotando todas las posibilidades legales existentes para evitar dicha pena capital.

Sus restos mortales son depositados en la Rotonda de las Personas Ilustres.

En 1895 se erige el municipio de Juan N. Méndez en honor del distinguido prócer liberal del Estado de Puebla.

El gobierno del Estado de Puebla otorga una pensión a las hijas del ameritado general de división Juan Nepomuceno Méndez.

Durante la Revolución mexicana se formó el Batallón Mixto “Juan N. Méndez” incorporado a la Brigada Serrana del Ejército Constitucionalista de la Sierra Norte del Estado de Puebla.