Copa de la UEFA 2008-09

Además, Inglaterra, como federación ganadora del premio UEFA Fair Play tuvo una plaza adicional.

Patrick's Athletic y APOEL - Schalke 04 que se disputaron el 16 del mismo mes, y los partidos de vuelta se efectuaron el 2 de octubre, excepto el CSKA de Moscú - Slaven Belupo y el St.

Los 40 equipos se dividieron en cinco grupos en función de su coeficiente UEFA.

El sorteo tuvo la salvedad de que en un mismo grupo no podían coincidir equipos de un mismo país.

Cada campeón de grupo en la ronda anterior quedó encuadrado junto a un tercer clasificado como local, con la ventaja de disputar la vuelta como local para el equipo campeón.