Además, la entidad controla clubes de divisiones inferiores que utiliza como cantera para el primer equipo.La plantilla se formó con jugadores procedentes de escuelas y clubes amateur como el Tallinna Lõvid, del que tomó su estructura.La irrupción del FC Levadia Tallinn ha servido para que el Flora desarrolle una rivalidad nacional en la lucha por los títulos.Habitualmente la primera equipación es verde y blanca a rayas verticales, aunque en anteriores temporadas fueron horizontales.Un año después, se alcanzó un acuerdo de patrocinio para 15 años con la compañía cervecera A.En él juegan las categorías inferiores del FC Flora y otros clubes de Tallin que están en divisiones menores.[2] Dentro de la estructura del club, el FC Flora cuenta con equipos filiales que llevan su nombre.El reserva se llama FC Flora II, fue fundado en 2006 y juega en la Esiliiga, segunda división nacional.
