El club juega sus partidos de local en el Zeqir Ymeri Stadium[1] y actualmente compiten en la Kategoria e Parë, que es el segundo nivel del fútbol albanés.
El club inicialmente estaba compuesto por jóvenes de Has, Lumë y Goranis de Shishtavec, que competían en deportes como el atletismo y la Lucha junto con el fútbol, que rápidamente se convirtió en el deporte más popular en Kukës.
El 13 de julio, el club perdió por primera vez contra el Dibra en Peshkopi, en un partido que terminó 4-1 a favor del rival.
En agosto de 1931, el club compitió en un torneo local donde jugaron el Kaballaku (Borje), Shkëlzeni (Tropojë), Internati Krumë y equipos del ejército.
Sin embargo, no participaron en ninguno de los campeonatos nacionales que se llevaron a cabo en ese momento.
En 1953 el Shoqëria Sportive Kosova participó por primera vez en una competencia nacional, compitiendo en la Tercera División albanesa (actual Kategoria e Dytë).
Permanecieron en la liga durante una década, hasta 1977, cuando ganaron el título de Segunda División, el mayor logro del club desde su formación en 1930.
A pesar de descender rápidamente, el club una vez más ganó la Segunda División en 1982.
En 2010, el club experimentó una renovación completa, cambiando su nombre por tercera vez al Futboll Klub Kukësi.
Permanecieron invictos en la liga durante los diez primeros partidos, que incluyeron una victoria en casa contra el Tirana.
El primer partido del Kukësi en Europa se jugó el 4 de julio de 2013 y terminó con un empate 1-1 ante el equipo estonio, Flora Tallin, y el centrocampista Gerhard Progni anotó el primer gol del club en competición europea en el minuto 79.
El Kukësi sufrió la primera derrota europea en su sexto partido, pero aun así avanzó a los play-offs al ganar 2-1 en el global.
También tuvieron una buena carrera en la Copa de Albania, ya que eliminaron al Naftëtari Kuçovë, Apolonia Fier, Bylis Ballsh y Teuta Durrës para llegar a la final contra el Flamurtari Vlorë, que finalmente perdieron por 1-0 ante un gol de Arbër Abilaliaj La casa del Kukësi es el Estadio Zeqir Ymeri, que tiene una capacidad para 5.500 espectadores ubicado cerca del distrito de Kukës.
El club cuenta con un buen apoyo en la comunidad de Kukës, así como en las regiones circundantes del noreste, y el grupo principal de ultras se llama Armata e Veriut, que se traduce como Ejército del Norte.