Jugaba de centrocampista y su último equipo fue el Aalborg BK.
Thomas Augustinussen empezó su carrera como delantero, aunque actualmente actúa de centrocampista defensivo.
Empezó en las categorías inferiores, pasando a formar parte de la primera plantilla en 2000.
LLegó a la final de la Copa de Dinamarca en 2004, pero el título finalmente se lo llevó el FC Copenhague, que ganó aquel partido por un gol a cero.
Su debut se produjo el 1 de julio de 2008 en el partido contra Polonia que terminó 1-1, Augustinussen ingresó al campo en el minuto 78' sustituyendo a su compañero Christian Poulsen.