Fue fundado en 1984 y compite en la Premier Division, máxima categoría del fútbol irlandés.
Inmediatamente después fue sustituido por una nueva institución, Cork Hibernians, que existió desde 1958 hasta 1977.
Tras deambular por varios estadios regresó a Turners Cross en 1995, y ese mismo año gana una nueva Copa de la Liga.
Tras unas dificultades económicas que provocaron la llegada de una nueva directiva, la situación deportiva del equipo se estabilizó y Cork logró clasificarse durante varios años en las primeras posiciones de la máxima categoría.
En 2005, Cork consiguió su segundo campeonato de liga con una victoria en la última jornada frente al Derry City.
En las primeras jornadas de la temporada 2007, Brian Lennox vendió el Cork City a un fondo de capital riesgo conocido como Arkaga, que situó como nuevo presidente a Tom Coughlan.
El equipo pasó a ser intervenido judicialmente, pero el presidente de la entidad, Tom Coughlan, presentó un recurso para recuperar su control que fue aceptado por la Justicia.
[2] Durante la temporada de 2009, los resultados en el terreno deportivo continuaron siendo positivos con una tercera posición en el campeonato irlandés.
El nuevo entrenador, Paul Doolin, abandonó la formación y muchos de los jugadores de la plantilla comenzaron a irse a otros equipos con mayor potencial económico, como Bohemian Football Club o Shamrock Rovers.